生物信息-python 编程实例（2）

我们拿到从测序公司或从网上下载得到测序原始文件后，用fastqc或其他软件对其进行质量评估，然后根据评估结果进行过滤或截取，一般有从5'端或3'端截取一定长度、过滤掉含 N 多的read、过滤掉测序质量较低的read，还有去掉pcr重复等。

网上可用的此类软件有很多，我们也可以自己写脚本，根据需要定制我们的过滤标准，下面就以python编程语言，过滤掉含双端测序 N 含量多的read， 以练习python编程， 代码示例如下图：

前几天发的推文中，已经对解析pe 测序文件的python脚本进行了解释，这里就不多说了，对以前的程序改动的部分是增加了判断：9-14 行，如果read1或read2 N 含量超过30（标准可以自己定），其实就是我们要扔掉的reads,这里也保存于文件f3和f4，N 含量少于30 就是我们要保留的数据了，保存于f5和f6。

这样，我们就完成了真正完整的双端测序去除含量N过多的质控软件了。。

今天的分享就到这里了，希望对您有所帮助，感谢你的阅读。

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