HiC数据标准化工具pipeline

一、HiC-Pro 简介

HiC-Pro，可能是最好用的HiC数据标准化处理工具，源于“HiC data processing”。流程主要分为6个步骤，比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、构建HiC关联图谱以及关联图谱标准化。

HiC-Pro可以输出各个尺度的HiC标准化互作图谱，从每个窗口5Kb到1Mb，当然窗口越大，所生成的互作关系越少，计算时间就越少，反之则越多。此外HiC-Pro还可以进行HICUP、HiCdat等众多HiC数据处理软件所不能进行的等位基因特异性HiC分析。

二、下载安装

（1）下载地址：

https://github.com/nservant/HiC-Pro （版本2.7.8）

（2）安装：

依赖软件还是比较多，分别如下。

bowtie2、g++、sort、samtools（>1.1）

Python2 (注释是2，3不支持version >=2.7)、4个Python模块（pysam (>=0.8.3)， bx-python(>=0.5.0), numpy(>=1.8.2), scipy(>=0.15.1) ）

R、以及两个R包（RColorBrewer和ggplot2 (>2.2.1) ）

（3）解压安装：

unzip HiC-Pro-master.zip && make configure && make install （安装成功如下所示）

（代码可左右滑动，下同）

三、使用

四、结果查看

-o 输出文件夹中，共有bowtie_results和hic_results两个结果文件夹。

其中bowtie_results文件夹下共有三个文件夹：bwt2、bwt2_global和bwt2_local，分别是序列比对结果、染色体间关联比对结果和染色体内部关联比对结果。其中bwt2文件夹下有一些数据统计结果的输出文件，如mpairstat文件（如下）。

hic_results文件夹下共有data、matrix以及pic三个文件夹。data文件夹下是比对上的有效序列对，文件末尾为_allValidPairs；pic文件夹下是各类结果数据统计；matrix文件夹下分为 iced 和 raw 两个文件夹，分别标准化后的关联矩阵和初始的关联矩阵。