CNV变异检测-CNVnator

大家好，终于学完了cnvnator，解决了报错的问题，现在总结一下，希望对大家有帮助。

cnvnator软件安装：

cnvnator使用时依赖root软件包，需要事先安装(wget https://root.cern.ch/download/root_v6.12.06.Linux-centos7-x86_64-gcc4.8.tar.gz)。安装完成后就可以下载安装cnvnator了(wget https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases/download/v0.3.3/CNVnator_v0.3.3.zip)。下载完成后解压执行如下操作：

cd /src/samtools

make

官网上说明此步骤可能会报错，但是只要生成了文件libbam.a(所在目录CNVnator_v0.3.3/src/samtools)，就可以继续操作。在make结束后，修改环境变量，将root安装目录下的thisroot.sh放入环境变量即可(vi ~/.bashrc)。

设置环境变量结束后，执行如下操作即可。

cd ..（cd CNVnator_v0.3.3/src)

make

变异检测流程：

cnvnator软件在检测时步骤比较繁琐，需要经过5个步骤才可以，中间过程信息全部储存在root文件里，具体步骤如下。

1.提取mapping信息

/lustre/02.software/02.cnv/CNVnator_v0.3.3/src/cnvnator -root XL2.root -treeXL2.bwamem.MR.sorted.bam -unique &

#此步骤会生成一个sample.root文件，为二进制文件，储存各种信息，可以用之前安装好的root软件查看，执行命令/lustre/home/jiyaliang/02.software/02.cnv/root/bin/rootXL2.root，进入如下界面后输入new TBrowser()命令即可查看文件信息。

成功后显示文件信息如下，每个染色体或scaffold储存一个文件：

有一点需要注意，如果程序之前运行失败，已经生成了一个root文件，在下次重新运行时一定要删除该root文件，如果不删除，新的分析结果会追加到错误的root文件中，影响后续分析。

2.生成质量分布图HISTOGRAM

/lustre/02.software/02.cnv/CNVnator_v0.3.3/src/cnvnator-root XL2.root -his 100 -d /path/ref &

100指的是bin size，可以通过-eval参数进行筛选，也可以根据经验值进行确定，一般测序深度20-30x选取bin size大小100，2-3x选取500，100x选取30[1]。

参数-d指定目录，内部存放给染色体的fasta文件，该参数指针对有以下报错信息的情况，该报错信息显示不能解析基因组文件，此时需要指定参考基因组的位置，且各染色体需要拆分成单独的fasta文件（目录下有其文件也可以，只要有所有染色体的序列就好，软件会自动识别）

错误信息：

拆分之后目录中文件信息：

拆分完成之后运行结果如下，不会再报找不到基因组的问题：

3.生成统计结果

/lustre/home/jiyaliang/02.software/02.cnv/CNVnator_v0.3.3/src/cnvnator -root XL2.root -stat 100 &

4.RD信息分割partipition

/lustre/home/jiyaliang/02.software/02.cnv/CNVnator_v0.3.3/src/cnvnator-root XL2.root -partition 100 &

此步骤用时时间最长

cnvnator在进行变异检测时，以提供的bin size对整个基因组进行切割，之后按照RD(read-depth)为基准进行cnv的检测。

5.变异检出

/lustre/02.software/02.cnv/CNVnator_v0.3.3/src/cnvnator-root XL2.root -call 100 > xl2_cnvnator.cnv

运行之后输出结果如下：

#第一列变异类型

#第二列位点信息

#第三列CNV大小

#第四列为标准化参数

#第5-8列为e-value值，其中第五列越小，说明结果越准确

#第九列q0质量值

变异结果筛选条件[1,2]

用软件call出来的变异很多，但并不是所有的位点都是我们想要的，进行适当的筛选不仅可以减少数据的总量，还能让我们更准确的找出目标变异位点及类型，常用的筛选条件有以下四个：

t-test-value

q0

dup>2 #删选duplication的阈值

del

其中dup和del值得选取可随意，以下是文献中研究的duplication和deletion的范围，可以参考[1]。

参考文献：

[1]CNVnator:An approach to discover, genotype,and characterize typical and atypical CNVsfrom family and population genome sequencing

[2]Pangenome analyses of the wheat pathogen Zymoseptoria tritici reveal the structural basis of a highly plastic eukaryotic genome