谁更准?WaterSwap结合自由能VS分子对接打分函数

WaterSwap案例 | 溴结构域抑制剂的结合自由能计算

一文中,我们用WaterSwap计算了7个BRD4抑制剂的结合亲和力,并与实验值进行比较,实验值与计算值的线性回归系数为R^2为0.969,Pearson相关系数为0.985,说明计算值与实验值之间具有极强的相关性。

图1.WaterSwap计算值与实验值比较

问题:WaterSwap计算每个分子大约2天左右,比起分子对接打分,值得进行这么昂贵的计算吗?

为了回答这个文献,我们首选选择一个与实验值具有强相关的打分函数对上述复合物结构进行打分,然后在比较两者的打分性能。在Lead Finder | 分子对接性能测试一文中,我们用CASF2013数据集评估了Lead Finder dG score、VS score以及Rank score的打分性能,综合CASF2013的21个打分函数评估结果(图2),发现Lead Finder的dG Score与实验值之间具有强相关(Pearson correlation = 0.66), 因此选用Lead Finder的dG score与WaterSwap进行比较。

图2. 24种打分函数的Pearson系数,除Lead Finder之外的数据均来自CASF2013原文

dG score打分结果见图3,线性回归系数R^2仅为0.253,Pearson系数为0.503,显示出弱相关性。

图3. dG Score与实验值的比较

总的来说,WaterSwap结合自由能计算比起分子对接打分值具有更好的打分性能。体现在前者与实验值呈现极强相关(Pearson系数=0.985),优秀的线性回归系数(R^2=0.969);而后者与实验值呈现弱相关(Pearson系数=0.503),差的线性回归系数(R^2=0.253)。WaterSwap结合自由能计算优于对接、获得的收益对得起在计算资源上的付出。

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180526G0MV9300?refer=cp_1026
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