安捷伦芯片的标准化

用limma包来对安捷伦芯片进行标准化,例子是安捷伦8*60×,单色芯片。

target.txt是一个txt文件,第一列是包括你芯片原始txt文件名字,后面一列可以加一些附属信息,如批次什么的。

读取文件

背景矫正

Gene filtering

去除batch,文件写出

平台注释

参考资料

https://github.com/albertwcheng/AgilentOneColorTemplate/blob/master/scripts/normalize_summarize_Agilent_arrays_OneColor_withTargetFiles.R

https://www.jianshu.com/p/ed722bf0c3a4

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180714G1I95600?refer=cp_1026
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