查某基因在各种肿瘤的表达并生存分析

最近有同事求助

如何查询一个基因

在多种肿瘤中的表达情况

自己平时常用的是

GEO,TCGA和GTEx数据库

但如何直接在线实现多肿瘤

基因表达可视化和生存分析

是个难题

搜寻盘点了一下

可以完成类似此项任务的在线网站

下面依次介绍下

每个在线软件的简单使用

以及各自的主要特点

供老铁们各取所需

如感兴趣

可以进入各自网站深入探究

proggene V2

http://watson.compbio.iupui.edu/chirayu/proggene/database/?url=proggene

特点是其数据库囊括了

TCGA数据库

以及GEO数据库多个研究(GSE编号)

可以在每个研究中分别查询

首页直截了当

输入基因名称(一个或者多个)

选择研究的肿瘤类型

选择临床终点(转移、复发、死亡等)

选择分组方式(一般按中位数)

此处以

“探究KRAS表达与胰腺癌患者生存”

作为研究示例

填好后点击最下面NEXT

出现了多个数据可选

包括TCGA的和GEO各个研究的

此处选一个GEO的研究

勾选YES

并用STAGE做校正

(看KRAS基因表达是否是

独立预后因素)

得到了图

可以下载无码pdf版本

这其实也是对GEO里

这项研究数据的再挖掘

省去了自己下载GEO数据

再格式转换

再各种纠结分析的麻烦

GEPIA

http://gepia.cancer-pku.cn

国产作品

来自北大

特点是(1)界面清新,操作简单;

(2)可以完成某基因在多肿瘤的表达

并且平行对比和做图;

(3)可以从肿瘤出发,对差异基因进行排序

对于开展新课题可能有启发

从基因层面

或者肿瘤类型层面入手检索

(数据库来源TCGA和GTEx)

下面盘点下几个主要的相关功能

【1】单基因的表达检索以及生存分析

输入基因名字检索

以ERBB2为例

即可得到多个肿瘤中的表达对比

包括器官分布

散点图

柱状图

也可以选取特定单个或多个肿瘤做BOXplot

比如

小TIP:如要查看具体数值

并自己做一些统计分析

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180720G1IIQV00?refer=cp_1026
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