深度学习:植物育种中豆荚内籽粒数量的估算

植物育种过程中需要测量大量的表型性状,从中评估一些有用的性状。目前,表型测量是典型的手工操作,成本高、耗时,且精准性差。因此,研究人员开发出了一种潜在的表型性状测量解决方案,即计算机视觉技术。近年来,深度学习,尤其是卷积神经网络(CNN),在这一领域已显示出许多优于传统方法的优点。

豆荚中籽粒数量的估算是一项困难的任务,通常需要对每个豆荚进行人工视觉检查。本文介绍了Uzal等人开发的一种基于标准CNN的深度学习方法。该方法解决了大豆豆荚内籽粒数量的估算难题,并展示了如何使用简单方法来可视化模型得到的关键特征,从而筛选出正确的结果。在文中,Uzal等人还对超参数选择如何影响CNN的表现进行了广泛的研究。

表1样品数量

图1 用于构建数据集的豆荚样本图片

图2 图片分割后得到的豆荚图片

图3 图片预处理后得到的豆荚图片

Uzal等人利用CNN处理不同季节的豆荚图片,并与基于定制特征提取(FE)和支持向量机(SVM)分类模型的经典方法进行对比,在测试中获得了86.2% (CNN)和50.4% (FE+ SVM)的准确率。结果表明:在豆荚籽粒数量估算任务中,深度学习方法比传统机器视觉方法表现更佳,优势明显。

图4 本文选择的卷积神经网络的结构

图5 CNN训练的超参数随机搜索

表2不同训练方法的准确性

图6训练曲线

图7 典型样本可视化(

绿色表示正相关,红色表示负相关)

图8在样品的可视化中,轮廓起着重要的作用

全文阅读

Uzal LC, Grinblat G L, Namías R,et al.Seed-per-pod estimation for plant breeding using deep learning. Computers and Electronics in Agriculture, 2018:150:196-204.

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180725G1LQX400?refer=cp_1026
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