图灵丛书Begining Perl for Bioinformatics介绍

Begining Perl for Bioinformatics是James Tisdall(我崇拜的生物信息大牛之一)编写的一本使用Perl编程语言解决具体的生物学问题的书籍,里面有大量的实例,非常容易上手。本专题Begining Python for Bioinformatics是根据书中内容进行翻译,实例问题使用Python编程语言来解决,非常适合作为生物信息Python入门教程。

本专辑的结构

本专辑结构根据Begining Perl for Bioinformatics一书的目录结构,共有十三章和两个附录。以下简要介绍:

第一章

本章介绍了分子生物学中的一些关键概念,以及生物学和计算机科学是如何结合在一起。

第二章

本章介绍如何在计算机在启动和运行Python。

第三章

本章概述了程序员如何完成工作。解释了优秀程序员使用的一些最重要的实用策略,以及在编程时如何找到问题的答案。这些想法通过简短的叙述案例研究具体化,这些案例研究表明程序员在遇到问题时如何找到解决方案。

第四章

本章你将开始使用Python编程语言解决DNA和蛋白质相关的问题。该程序将DNA转录为RNA,连接序列,获取DNA的反向互补链,从文件中读取序列数据等。

第五章

本章继续演示Python语言的基础知识,包括搜索DNA或蛋白质中的“motifs”序列的程序。用户交互式运行,将数据写入文件,使用循环和条件判断、使用正则表达式以及操作字符串和数组。

第六章

本章从两个方向扩展了Python的基础知识:函数,它是构造程序的重要方法,以及Python调试器的使用,它可以详细检查正在运行的Python程序。

第七章

基因突变是生物学的基础,使用Python中的random模块建模为随机事件。本章使用随机数生成DNA序列数据集,并重复突变DNA序列。

第八章

本章介绍如何使用遗传密码将DNA翻译成蛋白质。它涵盖了更多的Python编程语言,例如字典、排序和未排序数组、二级制搜索,关系数据库和DBM,以及如何处理FASTA格式的序列数据。

第九章

本章包含对Python正则表达式的介绍,重点是开发一个计算DNA序列限制图谱的程序。

第十章

遗传序列数据库(GenBank)是现代生物学和生物信息学的核心。在本章中,您将学习如何编写程序从GenBank文件和库中提取信息。您还将创建一个数据库,以便在GenBank库上创建自己的快速访问查找。

第十一章

本章开发了一个解析蛋白质数据库(PDB)文件的程序。

第十二章

本章开发了一些代码来解析BLAST输出文件。还提到了BioPython项目及其BLAST机械器,以及一些在Python中格式化输出的其他方法。

第十三章

编外内容,补充。

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180725G1W1GZ00?refer=cp_1026
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