推荐几款脑科学科研软件

前两天,有个准研究生在微信上问我:“我使用的是哪款型号的PC能带动这么多科研软件?”得了,既然如此,那我就推荐一下我的PC上已经在使用的科研软件,同时也来谈谈这些科研软件所需的最低配置。

我从大脑研究的技术手段开始,从EEG/ERP、fNIRS、TMS以及刺激呈现等的几大类来推荐。

来源:BrainTechnology

选稿:Brainnews|Simon

题图:latinoweeklyreview.com

排版:Brainnews| Ya

EEG/ERP脑电分析仪

从我前面的推文中,大家应该可以发现,我主要使用的Brain Products脑电厂家的设备,所以商业类我仅推荐BP的软件。

商业类

(需要加密狗或者其它加密文件)

1,Brain Vision Analyzer分析软件

介绍理由:这款分析软件非常稳定,可读取不同设备采集的EEG信号数据格式可达25+以上。对于用户来说,分析界面非常的友好,不需要编程技术基础,但你能做到数据的预处理、分段、叠加、独立成分分析(ICA)、小波分析、频谱分析,更高级的MR correction、TMS correction等。

操作系统:Window XP、Window 7、Window 8、Window10

所需最低PC配置:Intel Pentium IV or higher, 512 MB of RAM, 8 GB hard disk,graphics adapter with 64 MB of RAM

2,Brain Vision Recorder记录软件

介绍理由:这款是BP设备的采集EEG信号的记录软件,可自由定制workspace,可单/双导联采集。当然,最重要的是稳定。

PC配置:同上

3,Brain Vision Pycorder记录软件

介绍理由:这款是基于Python语言开发的适用于BP中的一款放大器进行数据采集的软件,这款软件最大的优势在于,对于脑机接口的在线数据分析能实时的读取设备进行数据分析。

PC配置:同上

4,BESA_Research_6.1

介绍理由:这款软件是用于溯源分析的,当然也能进行EEG信号的数据预处理、分析等。功能是比较强大的,就看如何作分析。

开源类

1,MATLAB 2012a

介绍理由:matlab是一款非常强大的编程语言,在它的基础上有很多数据包可以进行脑电、近红外、核磁的数据分析等。

PC配置:当前的主流PC基本上都能运行。

2,eeglab13_3_2b

介绍理由:基于matlab下用于分析脑电数据的插件,基本能读取当前市场上的主流设备的数据格式,这款软件的分析需要一定的编程基础,当然也可根据其中的函数语句自有定制数据分析。

3,etswave6

介绍理由:这款软件也是基于matlab下的分析EEG信号的数据包,这个相比于eeglab来说,可视化图比较友好,分析也能达到预期的效果。

4,Python

介绍理由:免费的开源性语言,Python最大的优势是非常容易上手,需要分析哪些数据就会有一些库的支持,只需要调用即可。

5,MNE

介绍理由:用于探索,可视化和分析人类神经生理学数据的开源Python软件:MEG,EEG,sEEG,ECoG等,视图很漂亮。操作有一定的困难,不过我在学。

6,sLORETA 2008-11-04

介绍理由:从Analyzer的导出的数据可用于这款软件的溯源分析,进一步对EEG信号的源定位分析。

fNIRS近红外脑成像

同样,在前面一直写的关于近红外的资料也是在NIRX厂家的相关资料下推荐的,所以在商业软件方面,我只推荐NIRX的软件。

商业类

(需要加密狗或者其它加密文件)

1,NIRStar 15-2数据采集

介绍理由:这是NIRX的数据采集记录软件,可视化展示Oxy/deoxy 血氧浓度的变化,也可将数据输出给第三方软件进行实时数据处理。

操作系统:Window 7、Window 8、Window10

所需最低PC配置:8GB of RAM, 2GB hard disk,graphics adapter with more than 256 colors

2,nirsLAB数据分析

介绍理由:这款是分析fNIRS的数据分析软件,完全能满足数据的预处理,血氧浓度的计算,GLM分析等功能

开源类

1,homer2_src_v2_3_10202017

介绍理由:这个也是基于matlab下开发的软件。这款软件来说,是目前近红外脑成像分析最常用到的分析软件,软件的界面很友好,唯一的要求就是各厂商对于数据格式导入时需要进行数据的转换。

2,NIRS_SPM_v4_r1_2

介绍理由:这个也是基于matlab下的数据包。这款软件主要是基于SPM8下的一阶相关性分析,同时这款软件对于探测的准确位置也能进行空间上的模拟演算。

TMS经颅磁

对于tms来说,我目前主要接触比较多的是导航类的软件,对于刺激的部位准确性有一定的要求。

商业类

TMS neuronavigator

介绍理由:这是一款TMS神经导航的软件,可定位于刺激的准确位置。在以后的机会中,我会更新一些关于TMS的知识。

刺激呈现

1,E-prime 3.0

介绍理由:这款软件就不多说了,很多人都在使用。基本能满足一些实验的要求,但是对于实验精度比较高的实验,并不建议,有一定的刷新率延迟。

2,Presentation

介绍理由:这款软件需要有一定的编程基础,我觉得这款软件的优势在于延迟性要比E-prime低,而且还提供了一个月的免费试用时间,非常棒。

3,Psychtoolbox-3

介绍理由:这个软件是基于matlab下的数据包,非常的强大,特别对于一些视觉的实验来说,呈现的延迟性会好很多,编程能力是一大要求。

其它科研软件

1,SPSS 25

介绍理由:对于数据统计来说,这款软件对于初学者来说是最友好不过了。强大的分析模块,应有尽有,当然破解版更是层出不穷。

2,EndNote8

介绍理由:文献管理的一大神器

3,Brain Tutor

介绍理由:这个软件融合了多种大脑分区方法,同时支持手机版,所以值得大家知道。

对于大脑科研软件,当然不仅仅只有这些,还有很多一些优秀的科研软件,以上这些软件,是我经常使用到的。希望能带给一些初入大脑研究的学生们有帮助。

再次回到PC的配置问题,其实大家可以看到在以上的软件中最低配置,其实要求都不高,当前主流的PC配置下,我推荐处理器I5、运存8GB、硬盘500GB基本就能带动了,想要更快的可使用固态硬盘,我个人使用的ThankPad X270。

由于当前的一些科研软件基本是window使用的居多,对于苹果机来说,个人觉得有些不必要,当然也要看个人喜好了。

总之,学好数据处理的方法及思想才是最重要的,对于PC机,个人觉得够用就好,想要有一定的运行速度的可选择固态硬盘,速度跑起来杠杠的。

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