别再转发锦鲤了！来10分钟get小分子三级结构

今天是生信星球陪你的第158天

你想找辆共享单车，发现满街都是别家车，没有一辆你能骑。

你想学点生信，搜了“初学者教程”，满眼尽是高大上，没有一句能看懂。

终于你跨越茫茫宇宙，来到生信星球，发现了初学者的新大陆！

开心，打开公众号后台竟然有700粉丝咯，感谢大家的关注和分享，公众号日更永不断~~~

要做分子对接需要准备两个文件：蛋白质的结构坐标信息、小分子的结构坐标信息文件，格式是.pdb，这个格式的文件用三级结构可视化软件就可以读取和显示。

蛋白的结构坐标信息是从PDB数据库http://www.rcsb.org/中获得，或者自己进行三级结构预测，方法详见：https://www.jianshu.com/p/f4e37c62399b。

小分子的结构信息文件如何获得？

首先你要知道你的小分子中文名、英文名和CAS号，其中CAS号是唯一且确定的，用它来检索最有效。

查CAS号用这个网站：http://www.chemyq.com/，其实直接百度也行。

首页长的像谷歌，然而看下一页像不像膏药哈哈哈哈哈。他的作用就是你输入中文名可以查到CAS号。接着你就可以用这个CAS号去别的数据库找了。

从哪里找呢：

方法一：CAS号直接检索

最好用的当属pubchem：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=3D-Conformer

方法二：从PDB数据库复合物中分离

从pdb数据库首页检索你的小分子CAS号，含有该配体的复合物，用pymol分离，方法详见：https://www.jianshu.com/p/ed3446ebd2e8

那么，自己合成的新型药物、新化合物，在数据库中肯定是没有的，那怎么获得呢？

比如你有一个长这样的化合物（我胡乱画的）：

就用到这两个

step1：用chemdraw画出平面结构

step2：平面结构转为三级结构

画好平面结构后直接edit-selectall-copy

然后打开chem-3D，直接粘贴

step3：导出三级结构的坐标文件

save as-选择 mol2或sdf，命名时不要省略后缀。

step4：sdf格式转化为pdb格式

神器openbabel！

然后来总结下：

总结

简书-小洁忘了怎么分身，同步更新花花的文章。

简书-刘小泽，同步更新豆豆的文章。

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