别再转发锦鲤了!来10分钟get小分子三级结构

今天是生信星球陪你的第158天

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终于你跨越茫茫宇宙,来到生信星球,发现了初学者的新大陆!

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要做分子对接需要准备两个文件:蛋白质的结构坐标信息、小分子的结构坐标信息文件,格式是.pdb,这个格式的文件用三级结构可视化软件就可以读取和显示。

蛋白的结构坐标信息是从PDB数据库http://www.rcsb.org/中获得,或者自己进行三级结构预测,方法详见:https://www.jianshu.com/p/f4e37c62399b。

小分子的结构信息文件如何获得?

首先你要知道你的小分子中文名、英文名和CAS号,其中CAS号是唯一且确定的,用它来检索最有效。

查CAS号用这个网站:http://www.chemyq.com/,其实直接百度也行。

首页长的像谷歌,然而看下一页像不像膏药哈哈哈哈哈。他的作用就是你输入中文名可以查到CAS号。接着你就可以用这个CAS号去别的数据库找了。

从哪里找呢:

方法一:CAS号直接检索

最好用的当属pubchem:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=3D-Conformer

方法二:从PDB数据库复合物中分离

从pdb数据库首页检索你的小分子CAS号,含有该配体的复合物,用pymol分离,方法详见:https://www.jianshu.com/p/ed3446ebd2e8

那么,自己合成的新型药物、新化合物,在数据库中肯定是没有的,那怎么获得呢?

比如你有一个长这样的化合物(我胡乱画的):

就用到这两个

step1:用chemdraw画出平面结构

step2:平面结构转为三级结构

画好平面结构后直接edit-selectall-copy

然后打开chem-3D,直接粘贴

step3:导出三级结构的坐标文件

save as-选择 mol2或sdf,命名时不要省略后缀。

step4:sdf格式转化为pdb格式

神器openbabel!

然后来总结下:

总结

简书-小洁忘了怎么分身,同步更新花花的文章。

简书-刘小泽,同步更新豆豆的文章。

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