平台教程丨无共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）

前言

Introduction_

在分子对接领域，精准定义配体的结合口袋是成功对接的重要因素。虽然传统的方法是利用共晶配体来指导这一过程，但当受体蛋白缺乏共晶配体时，我们又该如何应对？

本教程将展示如何利用殷赋云平台的强大功能和相关小工具，实现无共晶配体的蛋白与小分子的高效对接计算。立即加入我们，开启你的分子对接之旅！

01流程图

02结构信息

受体蛋白：来自Bacteroides fragilis的Putative sulfatase yidJ蛋白；uniprot AC号：Q64XZ4；PDB编号：2QZU

配体：有机小分子a和b

03准备受体结构

用途：处理受体蛋白PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。

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输入PDB编号2QZU，或上传PDB文件后，点击【确定】

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勾选多余结构（水分子），保留蛋白，点击【删除】

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点击【准备】，下载受体结构文件

04准备配体三维结构

用途：为化合物添加氢原子、偏电荷（partial charge）、生成良好的3D结构，为后续模拟计算提供初始结构。

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绘制化学结构或上传分子文件

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勾选【质子化/去质子化】，点击【准备】，下载文件

用于分子对接时，一般要勾选【质子化/去质子化】； 建议更改文件名为有意义的名称。

05识别结合位点

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打开殷赋云平台【识别结合位点】小工具

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需上传处理后的受体文件，点击【检测位点】

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查看位点情况，选定合适的位点，点击【下载文件】

06对接计算

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选择大方案-【蛋白/核酸/多肽-小分子对接（

DOCK 6.9）】，创建任务，进入提交任务页面

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上传受体、配体、位点文件，点击【显示盒子】

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若盒子大小不合适，可调整盒子边缘，再次点击【显示盒子】

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设置计算模式，点击【提交】。除非你知道为何选择其他模式，否则一律采用柔性配体对接模式。

原位优化

当配体分子（的坐标）已在口袋中，使用该模式可在受体存在的情况下，优化配体的构象并获得打分。常用于优化晶体结构中的配体、手动对接或其他软件对接的结果、研究局部化学修饰对配体结合的影响。

打分评价

当配体分子（的坐标）已通过某种方式位于口袋，使用该模式对其结合构象进行打分评价。常用于比较不同软件的对接结果、评价某种结合构象的优劣。

07结果分析

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待任务完成，点击【查看】，进入分析页面。

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查看对接打分，下载scores.csv文件

Grid Score：对接打分。由Grid_vdw和Grid_es共同构成。该数值越小表示结合力越强，因此，Pose 1总是最强的。

Grid_vdw：范德华力贡献，主要反映疏水作用和π-π堆积等非极性相互作用，对结合稳定性起到基础性作用。

Grid_es：静电力贡献，涵盖氢键、盐桥（离子键）、π-阳离子相互作用等极性作用，对特异性结合至关重要。

Internal Energy：受体与配体相互作用时产生的内部排斥能。数值较大时，表明构象可能存在不稳定性。

尽管这一指标在结合模式分析中通常不是决定性的，但它可以作为警示，提示可能的异常结果。如需进一步解读，可以联系小殷同学（（xiaoyin_yinfo）

Cluster Size：表示当前结果所代表的簇中相似构象的数量。虽然这一指标对于理解结合模式的贡献有限，但它可以提供关于构象多样性的初步信息。

评价对接打分的经验法则（rule of thumb）

Grid Score > -40 kcal/mol，结合力较差；

-70 kcal/mol < Grid Score <= -40 kcal/mol，结合力中等；

Grid Score <= -70 kcal/mol结合力较强。

注意：上述法则并非绝对，应以实验结果为准。

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(1)  一般选取符合预期（比如与某些关键氨基酸有作用）的或者含有极性作用（氢键、盐桥）较多的结果；

(2)  右侧可调整视图样式，右下角可切换化合物和构象；

(3)  建议下载无标签图片（点击【残基标签】隐藏），再用PhotoShop加上标签。

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若有需要，提取对接构象，合成复合物结构

小

殷

有

话

说

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