生信分析平台搭建(七):bioconda

编者按

经过了前面的一系列准备工作,现在终于可以安装生物软件了,(庆祝一下,来杯金六福),生物软件安装可以源代码编译,deb或rpm包,apt安装,还有bioconda,目前来看,我认为最佳的生物软件安装解决方案就是bioconda。当然花钱找人帮着安装更好用。

bioconda来源于conda,conda是一个软件模块管理工具,也是一个可执行命令,其核心功能是包管理与环境管理,可以用来管理Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多,有点类似于pip工具。

图1:bioconda软件列表

bioconda优点:

自动安装依赖,实现生物软件一键安装,再也不用体会源代码编译之苦了;

方便进行管理和升级,软件版本可选择,同一个软件,可以选择安装任意的版本;

使用普通用户进行安装,不需要管理员帮忙安装依赖软件;

创建环境,例如需要使用python3,但默认是python2.7,可以创建一个python3环境

十一:Bioconda安装

1、下载bioconda,这次我们使用普通用户来使用bioconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

2、bioconda是交互式安装

1、bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

2、按回车继续

3、出现一堆说明,空格直接到底(阅读下也无妨)

4、输入yes,同意条款,默认是no

5、安装目录,默认即可

6、开始安装

7、是否要将bioconda软件目录添加到.bashrc的PATH变量中,输入yes,这样直接敲软件名字就能找到,如果按回车了,后面也可以手动添加。

3、这样软件就安完成了,在当前目录下的miniconda2目录下。

4、source ~/.bashrc刷新一下,或者开一个新窗口,输入conda命令,弹出帮助信息,说明软件安装成功了。

5、添加bioconda源,刚才安装的只是Miniconda,只有添加了bioconda的源,才能下载和安装生物软件。如果嫌敲命令麻烦,可以直接修改home目录下的“.condarc”文件。

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels defaults

conda config --add channels r

conda config --add channels bioconda

6、默认官方源速度比较慢,一定要添加国内的源,速度有显著提升,很多很多……这些源有顺序关系,将最常用的放到最上面,这样安装时从这里开始搜索,找不到,在继续从下面的源中搜索。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

7、完成设置,开始安装你需要的软件,conda命令的使用与apt和yum类似,也包括搜索,安装,显示,更新等内容。

8、安装软件,可以一个个安装,也可以一次安装多个,默认安装最新版本,可以指定固定的版本。例如bwa=0.7.15

conda install -y bwa=0.7.15

conda install -y hisat2

conda install -y hmer2 htseq htslib igvtools

conda install -y gatk4=4.0b6

Tips:bioconda安装软件,有时候会断开,无法安装成功,可以反复多试几次。

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