生信分析平台搭建（七）：bioconda

编者按

经过了前面的一系列准备工作，现在终于可以安装生物软件了，（庆祝一下，来杯金六福），生物软件安装可以源代码编译，deb或rpm包，apt安装，还有bioconda，目前来看，我认为最佳的生物软件安装解决方案就是bioconda。当然花钱找人帮着安装更好用。

bioconda来源于conda，conda是一个软件模块管理工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理，可以用来管理Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多，有点类似于pip工具。

图1：bioconda软件列表

bioconda优点：

自动安装依赖，实现生物软件一键安装，再也不用体会源代码编译之苦了；

方便进行管理和升级，软件版本可选择，同一个软件，可以选择安装任意的版本；

使用普通用户进行安装，不需要管理员帮忙安装依赖软件；

创建环境，例如需要使用python3，但默认是python2.7，可以创建一个python3环境

十一：Bioconda安装

1、下载bioconda，这次我们使用普通用户来使用bioconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

2、bioconda是交互式安装

1、bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

2、按回车继续

3、出现一堆说明，空格直接到底（阅读下也无妨）

4、输入yes，同意条款，默认是no

5、安装目录，默认即可

6、开始安装

7、是否要将bioconda软件目录添加到.bashrc的PATH变量中，输入yes，这样直接敲软件名字就能找到，如果按回车了，后面也可以手动添加。

3、这样软件就安完成了，在当前目录下的miniconda2目录下。

4、source ~/.bashrc刷新一下，或者开一个新窗口，输入conda命令，弹出帮助信息，说明软件安装成功了。

5、添加bioconda源，刚才安装的只是Miniconda，只有添加了bioconda的源，才能下载和安装生物软件。如果嫌敲命令麻烦，可以直接修改home目录下的“.condarc”文件。

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels defaults

conda config --add channels r

conda config --add channels bioconda

6、默认官方源速度比较慢，一定要添加国内的源，速度有显著提升，很多很多……这些源有顺序关系，将最常用的放到最上面，这样安装时从这里开始搜索，找不到，在继续从下面的源中搜索。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

7、完成设置，开始安装你需要的软件，conda命令的使用与apt和yum类似，也包括搜索，安装，显示，更新等内容。

8、安装软件，可以一个个安装，也可以一次安装多个，默认安装最新版本，可以指定固定的版本。例如bwa=0.7.15

conda install -y bwa=0.7.15

conda install -y hisat2

conda install -y hmer2 htseq htslib igvtools

conda install -y gatk4=4.0b6

Tips：bioconda安装软件，有时候会断开，无法安装成功，可以反复多试几次。

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