近期收到的留言(六)

可以使用数据库查询

使用KEGG数据库进行搜索(https://www.kegg.jp),输入代谢物信息检索相应的代谢通路。

使用MetaboAnalyst工具进行查找,在Pathway Analysis工具中,输入代谢物信息查找对应的代谢通路。具体方法参看文章:

MetaboAnalyst丨一款免费的代谢组学分析软件

如果重复对一个QC样本进行检测,可能是由于方法的不稳定造成,具体要看是保留时间不稳定还是离子强度不稳定。保留时间的漂移,可以使用数据前处理的方式对其进行校正(软件都可以对一定范围内的漂移进行校正);如果检测时加入内标 ,可以计算相对保留时间进行校正。质谱响应强度偏差很大的话,可能需要用标准样品检测一下质谱仪有没有问题了。

如果分别对一系列QC样本进行检测的话,除了上述可能之外,还可能是由于不同QC样本配置时操作的重复性不好。

以下是关于样本前处理的一些文章:

核磁共振和质谱是目前代谢组学研究的两大平台。相比于核磁共振而言,质谱技术具有高选择性和高灵敏度,能同时检测多种代谢物,应用广泛,同时可以方便地与不同的分离技术进行结合,提高对复杂样本的分析能力。

接下来分享一篇文章【干货】如何选择合适的代谢组学分析技术,该文章详细多介绍了应用于代谢组学研究的分离技术,包括超高效液相色谱、气相色谱、超高效合相色谱等。

液质分析中代谢物的加合离子是跟你具体的实验环境(比如流动相的添加剂,甲酸、乙酸、甲酸铵、乙酸铵等)有关的,没有特定的某种加合离子。在数据库检索时,通常会要求根据实验情况选择可能的加合离子信息,然后再进行数据库匹配。

对于ESI离子源来说,不同的仪器厂商有不同的设计,加之所使用的碰撞方式可能也有差别,所以得到碎片也没有统一的模式(完全一样的碎片和强度)。一些数据库中会记录化合物的碎片信息,通常这些数据库会告诉用户他们用的是什么样的仪器,在什么条件下采集的碎片质谱图。常用的数据库有HMDB、Metlin、Lipidmap等。(这些数据库中有些是真实采集的碎片信息,有些则是电脑模拟计算的碎片信息)

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