代谢组学研究中常用的数据库（三）

MassBank

MassBank（https://massbank.eu/）是一个网络开放的数据库，旨在公开分享从代谢物的化学标准品得到的质谱图以方便用户进行代谢物的鉴定。MassBank的数据主要来自日本，但也有来自欧盟、瑞士、巴西和中国的成员提供的数据。

MassBank包含了代谢物的质谱信息以及采集情况，这些信息来自于不同的质谱仪设置，包括不同的电离技术例如ESI（60%，占总数据量的百分比）、EI（31%）、CI（2%）、APCI（1.6%）以及MALDI（

MassBank最显著的一个特征就是它使用的被称为“（合并谱图merged spectra）”的信息，即人为地将来自于相同代谢物但是不同碰撞能量或者不同的碎裂方式的碎片离子合并为一张质谱图。这样做的目的在于是鉴定的结果不再依赖于某一特定的仪器设置或者特定厂家的仪器。这些信息只占到数据库所有谱图的2%。

数据库中，每一个条目都包含了化合物的名称、化学结构式、实验条件（如质谱条件、色谱方法、保留时间、母离子、高分辨质谱数据）、以及其他数据库记录的链接。此外，用户也可以使用不同的软件对MassBank数据库中的信息进行修改或补充，这些软件包括了基于Excel的Record Editor用于手动创建记录，以及使用基于C++或者R的Mass++和RMassBank用于批量工作。软件可以为Windows和Linux设置本地的MassBank服务器。此外，如果记录获得了Creative Commons的许可，用户则可以下载MassBank数据库，编写自己的程序来访问，定制和使用它。MassBank允许通过Web API来对其访问，代码及相关支持工具可以在GitHub网站查询（https://github.com/MassBank）。

用户也可以使用Java访问和使用MassBank网站及其相关的功能。“Spectrum search”功能可以让用户进行串联质谱图相似度的搜索，该搜索可以单个进行，也可以批量进行。搜索的结果会显示谱图相似度的得分以及重合的子离子的个数。同时，该数据库也可以以图像的形式来对比检索的谱图和反馈的谱图之间的相似性。

用户还可以使用“Quick Search”功能通过键入化合物名称、精确分子量或者化学式进行化合物搜索。但是，“Quick search”功能不可以通过输入质荷比进行化合物搜索，批量搜索的结果也只能通过邮件进行反馈。

“Peak search advanced”功能可以使用户通过输入某一个特定的离子或者中性丢失的分子式进行化合物检索，而不是输入一个特定质荷比的数值（如下图所示）。详细的说明可以参看MassBank的用户手册：https://massbank.eu/MassBank/manuals/UserManual_en.pdf

MassBank最主要的不足之处可能在于数据库中所有的记录并未经过充分的筛选，有些条目对应的信息较差或者存在错误注释的情况，有一些谱图也包含了噪音信号或者提取的效果并不是很好。近期开发的RMassBank通过使用ChemicalTranslation Service（CTS）等网络服务上传标准品的mzML文件来创建高质量的的和注释良好的质谱图。此外，一些电脑在安装Java程序是出现问题也影响了MassBank数据库的应用。

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