MapOptics：一个轻量的、跨平台的光学图谱 alignment 数据可视化工具

Bionano光学图谱可以在基因组组装的最后步骤辅助将 scaffold 序列锚定到染色体序列。但现有的可视化工具局限于Windows 操作系统，一般是为大尺度结构变异而开发的。2018年12月7日，《Bioinformatics》 杂志在线发表了 MapOptics 软件，这个软件是一个轻量的、跨平台的工具，可以让用户可视化 Bionano 光学图谱的 alignment 数据，并与之互动，也可用于深度探索 hybrid scaffolding alignment。总的来说，对于大规模光学图谱分析项目，MapOptics是一个快速、简单的选项。

MapOptics 是利用 Java 1.8 开发的，基于 MIT 协议开源。

MapOptics 的源代码地址：https://github.com/FadyMohareb/mapoptics

MapOptics 可以在任何安装了 Java 虚拟机（JVM）的桌面电脑上运行，也就是Windows、MacOS 和 Linux 等操作系统都可以运行。

下图是 MapOptics 软件的 Summary View 界面。A： Reference contigs 的表格；B： Reference 数据集和 Query 数据集的名称；C：Reference Contigs 长度的分布；D：Reference contigs 的 label density 的分布；E：所有 Query contigs 比对到 reference contig 的示意图。

下图是 MapOptics 软件的 Reference View 的界面，有一些可以调节的选项。

下图是 MapOptics 软件的 Query View 的界面，有一些可以调节的选项。

参考文献：

Josephine BurginCorentin MolitorFady Mohareb.MapOptics: A light-weight, cross-platform visualisation tool for optical mapping alignment. Bioinformatics, 2018, bty1013,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1013

https://github.com/FadyMohareb/mapoptics