CS番外2：过滤ChIPseeker注释结果

有一天我的师弟提了一个需求：

对于ChIP的下游分析，我很喜欢DiffBind做差异分析然后用ChIPseeker做注释这一套流程（因为ChIPseeker的输入格式是GRange格式，而DiffBind的dba.report输出也恰好是GRange格式，两者可以无缝衔接）。我之前的套路，一直都是无脑输出所有的DiffBind结果，然后放入ChIPSeeker里面做注释，完了之后转成data.frame，然后对data.frame做subset，做后续的GO分析（）。但今天突然想对ChIPseeker的注释结果直接做subset，然后分别对上下调的结果画plotAnnoPie等ChipSeeker内置的画图函数。但发现subset无法对ChipSeeker annotatePeak函数的输出结果做筛选。

当然，对于DiffBind的结果用subset，分别提取上下调，然后再注释也是可以的，不过这样感觉更麻烦。

面对需求，如果无法解决提出需求的人，那么就只能写代码实现这个需求了。于是经过一个下午的努力，我给ChIPseeker加上了subset的功能。

先来介绍下如何使用。我们需要用安装最新的ChIPseeker

我们以测试数据集来演示

此时会输出peakAnno里的描述统计信息

peakAnno可以直接用来画图

Pie

upset

假如你突发奇想，我能不能就看看某一条染色体的作图结果，或者对于MACS2的结果，想根据FDR筛选下peak，然后看下peak的变化。

在之前我们无法直接对peakAnno背后的对象进行操作，所以需要先对输入的GRanges进行过滤然后再用进行注释，然后画图。

但是现在我们有了, 这一切就变得稍微简单起来了

我们可以按照染色体编号进行筛选

可以按照peak宽度进行筛选

filter

如果筛选之后没有任何结果，那么就会报错

那么问题就是，这些筛选条件的名字怎么获知。

只要将peakAnno转成GRanges格式，所以可以看到的列都是你可以筛选的标准。

给ChIPseeker增加subset的功能，应该是我第一次在GitHub进行pull requests操作。写这个函数，需要先去理解csAnno对象到底是什么，以及如何保证csAnno这个对象在操作前后不会发生变化。

其实这个函数挺简单的，就是下面几行

因为有很多功能是ChIPseeker已经有了的，比如说, 还有一些是S4Vectors和BiocGenerics包提供的，比如说subset, start和end。