玩转抗体设计，你还在用Rosetta吗？

说起抗体设计，不得不提到业内赫赫有名的Rosetta，Rosetta为蛋白质设计建模提供了丰富的工具。但是由于Rosetta并未被开发成交互式软件，还是需要输入一行行指令去完成，因此对门外汉来说还是有很高的难度的。

今天给大家介绍一个在线平台，不用Rosetta照样玩转抗体设计！

SAbPred是一个在线工具集合，可用来进行对抗体的性质进行预测，主要是抗体结构的预测。

该平台可执行多种功能：

Fv建模 (ABodyBuilder)

侧链预测 (PEARS)

Loop 建模 (Sphinx and FREAD)

序列编号 (ANARCI)

Paratope 预测 (Antibody i-Patch)

表位预测 (EpiPred)

序列的规范形式预测 (SCALOP)

可开发性预测 (TAP)

VH-VL 方向计算 (ABangle)

今天给大家主要介绍ABodyBuilder工具。

ABodyBuilder

ABodyBuilder集合了平台多个独立模块于一身，用于产生抗体Fv区或纳米抗体的模型。

只需要提交重链和轻链序列，系统就会自动运行，再也不需要手动输入一行行的代码了。

ABodyBuilder将自动执行如下程序：

用ANARCI编号序列；

使用SAbDab分别为VH和VL域选择最佳模板；

使用ABangle预测VH-VL方向并将模板域放置在预测的姿态模型中；

使用FREAD进行CDR环建模

使用PEARS生成侧链

用ANARCI重编号最终模型

注释估计的模型准确性，识别潜在的可开发性问题并可视化结构的不同区域。

然后，此处生成的模型可以用于Antibody-iPatch互补位预测和EpiPred表位预测算法。

输出结果

01模型输出

主要输出文件包括评分最高的模型、日志文件、ANARCI序列编号、以及所有输出模型的PDB文件。

02模型可视化

ABodyBuilde为评分最高的模型提供可视化视图。右侧给出了不同的视图选项：CDR definitions提供了Kabat、Chothia、IMGT、North/AHo、Contact等5种编码格式下的CDR序列预测。

Display options提供了球形、线形、球棒、卡通、旋转等5种不同的结构展示形式。

Annotation options提供了二级结构、预测精度、溶剂暴露、结构域等5种显示。

03模板细节

提供了H、L链骨架区和CDR区的模板序列，以及序列一致性得分等。

04序列比对

此外自动给出了VH、VL区目标和模板的序列比对。