我的文献阅读攻略:巧用工具+读书报告

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最近读文献的一些体会

(图片来源:千图网)

读研一的时候只上课,偶尔参加组会,感觉时间挺充裕的。当时想来想去,读文献是对自己和老板最负责任的做法。

源头在哪里?

刚开始不能着急,找到源头就找到了方向。考研的时候就收集了实验室的文章,但是看来看去半年多也没有多少头绪,心里也很着急,越着急越没有进度。后来,几篇文章反复看了好多遍,终于从一篇简报的概述部分找到了研究的“源头”,有了源头,线索就容易理顺了。

利用软件

学着用Endnote,文献积累少的时候,这个软件的优势凸现不出来。但是随着知识面的扩大,信息需求的增大,Endnote会表现出强大的管理和检索的功能,提供个性化的文献数据库管理。

自从找到了文献的“源头”,我就开始按照线索建立数据库,比如有些文献经常在我们实验室的文章里出现,那我就要把它归纳到数据库里面去,数量多了,再按照诸如:实验方法、基因组、遗传、生态、分类等等这样的目录把这些文献进行归类。

有了这样一个目录,以后无论是新文献归类还是寻找特定方向的文献就都非常方便了。不过这种分类要与时俱进,经常调整才能满足需要。Endnote给每一篇文章提供了各种信息选项,其中可以对文献进行标记,以前的老板建议我们给每一篇文章加重要性标记,如IM(important),VIM(very important)等等吧。

其实建立文献数据库是一个很麻烦、工作量也很大的工作,虽然有参考文献的指导,毕竟从浩如烟海的期刊里面找到自己需要的信息本身就是个技术活。我经常就烦了。所以我不会一次就把它建好,就是顺手做一下:比如挂在网上看电影的时候。

后来我用Endnote写了一篇读书报告,与其说是读书报告,不如说它是一篇英文材料的翻译。但是,我很严肃地按照以前老板教的方法去写,没有把握的地方就红色标记,留待以后查阅解决。读书笔记可以一直补充下去,遇到有用的信息都总结在里面备查。对以后做研究很有帮助。

我把报告发给老板,他强调了归纳:总结新规律,提出新问题。我觉得这是一个很高的要求。因为现在文献读的还是有限,每每想到什么点子,高兴了没有几天,就发现别人已经写过了,又为此沮丧一阵。反复几次,我找了一种自以为效率比较高的办法——软件。

我在生命科学实验中心论坛上下载了一些文献管理软件,Quosa、RefViZ还有HistCite,最近还听说了CiteSpace不过没用过。我用HistCite去寻找我们这个方向的发展线索,如果分析结果和实际情况一致,那么我就按图索骥,分门别类的去读,效率高得多。

但是,现在我想提醒自己,软件是我的工具,不要做它的奴隶。我的乐此不疲的搞一堆软件,即使分析结果再漂亮,自己不用也白搭。而且,软件有它自己的局限性,要想利用好它,还是要靠以前读文献积累的经验和思考。

(图片来源:千图网)

读书报告

按照之前实验室的习惯,读书报告分为两种:精读报告和泛读笔记。精读报告写起来很累的,我觉得这个也不能够着急。

第一步是先看好摘要,这是一篇文章的眼睛。摘要这个东西是很有讲究的。比如一些杂志的文献摘要,行文风格、句式等等吧都是非常固定的,像BMC Genomics这样的还有固定格式,把摘要分了三段:Background,Results和Conclusion。

第二步是通读文献,知道这个组用了什么方法作了什么样的工作,主要意义在什么地方,就可以了。

第三步要分块,看看这个文章用了什么思路,对自己有什么启发;这个文章用了什么方法,仪器、试剂、控制条件等等。实验方法我一开始不注意的,但是后来我发现这东西也很有讲究,同样一个菌株、在不同的文献里头培养温度是不同的,我后来发现这是因为人家研究目的不一样。还有甘油的浓度,数字后面v/v和v/w意义也不同的。

虽然这些细节对研究思路没有直接的帮助,但是养成阅读的好习惯,以后自己做实验也可以少走弯路。然后,这些东西都要体现成读书笔记,只有落实到纸面上或者文档里面,这个精读才算是完成了。而且以后遇到相似相关的工作还要随时拿出来比较归纳。

我原来的老板要求研究生每月一篇精读报告,我读研以后,还异想天开过每周一篇,但是实际操作起来非常困难。因为,想要看好一篇文献,从选文献、到看文献再到完成读书报告,是一个非常严谨漫长的过程,其中要解决的问题也很琐碎,一月一篇都不容易呢。

综述、简报和快报

上面一段是我看研究报告的体会,至于文献综述,和这个不大一样的。我觉得文献综述要像小说一样来读。至少读出这个领域的来龙去脉、前因后果。再进一步归纳出将来的热点,或者说弄明白作者展望的内容。

对了,我觉得相对于内容,文献综述最大的用处在于他提供了本领域有价值的工作,我后来找到很多文章都是从综述后面的参考文献中找到的,很有效率。还有一些是简报呀、评论呀什么的,我感觉非常短平快,效率很高。就那么一读,就可以受到很多启发。起码让我知道现在大家在关注些什么。

这个一般还是要看些比较牛的杂志的letters或者essays。至于什么是比较牛的杂志,这个要因学科而异,不能迷信。另外,听说很多著名的学者都喜欢写快报。

其它牢骚

文献要慢慢读,读多了就会累。我还是习惯看纸版的东西,做笔记也喜欢写在纸上,而不是对着电脑一边看PDF,一般在Word里面抄抄写写。开着电脑,必定就要连上网线,那么QQ、校内、邮件、BBS等没完了。这个还是要看自制力,以及最好不带电脑,就拿着纸版的文献在教室里看,带着字典勤翻阅就好了,遇到字典和专业字典都没有的,就只好在网上查了。

对了,说到字典,一定要预备一本专业词典,虽然说基本上在线翻译都能提供解答,但是很多都不规范,还是专业的词典比较好,还能给出详细的解释。词典挑选也很有学问,我到现在也没有找到一本非常理想的,基本上要几个词典一起用才勉强满足需求。

我还记得我在大学里正经看的第一篇文献是一篇综述,30多页,我看了俩月才看完。语法倒是不难,可是里面的词汇涉及分类学、生态学等等,我常常查过一遍,后面就又忘了。可是,咬牙坚持看完了这一篇,我的阅读能力较之以往有了质的飞跃。所以,我觉得读文献也是一个磨练心智的过程,让自己的心沉下来、沉下来,心态下来了,学问也自然就上去了。

牢骚了这么多,文献还是要继续看,报告还是要继续写,耐心,一定要有耐心,才能看到自己一点点进步。

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