植物基因组进化与Python绘图私人定制-bioinformatics×中国-第三季seminar第三讲

植物基因组进化与Python绘图私人定制

bioinformatics*中国 第三季seminar第三讲

(!强调,所有seminar考虑到内容与主讲人课题可能冲突,没有录播

老时间,老地方见

(2018年02月04日晚上20点整 群视频)

以下,是“强行要求”主讲人写的本讲内容介绍

基因组进化是基因组的结构(序列)或大小随时间变化过程。基因组进化的研究涉及多个领域,如基因组的结构分析,基因和古代基因组重复,多倍体和比较基因组学(我大概是做这个的)。

接下来说点儿什么呢,要不说说我们的分析流程吧!(老板不会打死我吧)

首先,选择你想要做的科属(基因组数据一定要找全,数据也要是新版本(更新数据和添加数据很烦的);

其次,做个点图(看一下基因组结构,尤其是加倍关系,这里是可以看清楚的),再做个共线性分析,结合点图,生成一个叫同源共线性列表的东西,这是个好东西,有了它,可以分析基因的保留丢失,也可以弄;

然后,dating(回归进化主题,做这个没啥意思,就比谁说的准),我们用Ks,也有人用4Dtv。加倍事件和物种分歧事件时间写一写,就ok。

最后,可以做物种的分化演化规律,如推测祖先染色体,做不同加倍事件基因功能的保留偏向等(这些都做了,文章篇幅小心过长)。

下边是分析流程中,分析的结果展示(python可视化的内容)

以上分析流程说不定也适合刚出炉没见光的基因组数据(这是啥,没见过,好吃不)

如果没看懂,可以参考下面两篇文章(贴了这个,老板可能就不打死我了)

Hierarchically Aligning 10 Legume GenomesEstablishes a Family-Level Genomics Platform

An Overlooked Paleotetraploidization inCucurbitaceae

除了豆科,葫芦科(毕业课题),对十字花科,茄科,禾本科,蔷薇科等植物基因组进化也可以做嘛!(友情提示,以上提到的科属尽量别选)

Python可视化——私人定制

数据处理(pandas,numpy)+绘图(matplotlib)=美女照片(百看不厌)

文章发不了CNS,但是,作图上,要有一颗达到nature水平的心。每一张漂亮的图背后,都隐藏着绘图人的汗水,有时候,简单的调颜色,就可能花费一两个小时。具体细节,周日见喽!

(这个只能看看,不开车)

我可能就会这点儿了,身体被掏空的赶脚。

来,“本小编”也要来了主讲人的赞赏码,

“赞赏,是最好的支持 ”

  • 发表于:
  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180201G0A9VY00?refer=cp_1026
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