GGTREE,让进化树不再单调

已经有一段时间没有推送了,因为在做一个人生中很重要的事,那些天忙的昏天黑地,也几乎天天开夜车......

不过,总算完成了我的博士论文答辩,接下来就是各种材料的递交和等待毕业证的发放了,终于要完成人生的一个阶段啦~

谢谢在这个人生阶段中所有帮助过我的人,来个高难度的比心

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~割~~~~~~~~~

吐槽完,开始推送的内容

今天为大家介绍一款绘制进化树的R语言包,就是GGTREE。这个包可以做什么呢?可以画树,如这样的(作者文章里的图太好看了,就直接截过来了)。

这个包是解决了利用R语言绘制进化树时,添加进化树注释信息较繁琐的问题。其实,熟悉绘制进化树的同学们都知道还有一些在线软件可以对进化树进行注释信息的添加,那些软件比较适合对R语言不熟悉的小伙伴,这个我在以后的推文中再介绍。

今天就来说说这个R语言包,这个包是非常新的包,发表文章的剪影如下:

这款可以对进化树进行注释的包——GGTREE,支持多种数据格式,包括newick, nexus, NHX, phylip 和 jplace,也可对phylo, multiphylo, phylo4, phylo4d, obkdata 和 phyloseq格式的文件进行可视化呈现,还能够与其他软件输出的文件有很好的兼容性

GGTREE的功能是非常丰富的,该包的主要功能作者在文中都已列出60多种,还有许多待挖掘的功能。此外,在该文中,作者还列出了一些简单的代码供读者理解和使用,在此文之外,作者还开通中英文博客用于介绍该包的特点和使用方法。

附上博客地址:

中文:https://cosx.org/2015/11/to-achieve-the-visualization-and-annotation-of-evolutionary-tree-using-ggtree

英文:https://guangchuangyu.github.io/

进一步深入了解,发现作者余光创(Y叔)在发这篇文章时是港大的在职博士,看履历应该是研究比较顺利,现在已转博士后了。Y叔最初的专业也非生物信息学(09年生物化学与分子生物学专业)。常常也会在博客上分享各种生信知识和在论坛中帮助他人解决问题,在读博前已在生信圈有名气,而时隔多年在暨大任教职的他几经周折去港大读了在职博士,目前已经写了17个R语言包,活到老学到老,看了他的经历后已被圈粉。

本文来自企鹅号 - 生信锵锵锵媒体

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