专栏首页生信技能树我测试了一下Jbrowse的安装及初步试用

我测试了一下Jbrowse的安装及初步试用

前些天我们公众号元老,熊,投稿了关于Jbrowse的史上最全介绍,如下:

可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍(请点击阅读)

最为生物信息学痴的我当然不能错过,今天终于找到了空隙时间来体验一把!

全部体验报告如下:

起初我是在windows安装这个的,因为是浏览器而已嘛

下载jbrowse最新版解压,然后setup,但是log日志显示全部失败了,如下:

http://gmod.org/wiki/JBrowse_FAQ 我简单浏览了一下FAQ;

似乎我想的简单了,还是去我的linux里面安装吧~

用的是下面的方法来安装jbrowse:

如果失败了,是下面这样:

如果成功了是下面这样:

其实上面两个截然不同的结果只是因为我用的是不同的服务器,前者是腾讯云,ubuntu14,后者是亚马逊云,ubuntu16,作为生物出身的生信工程师,我其实很烦这种计算机配置错误,没有学过原理,只能凭直觉和谷歌一步步解决,最后也只是解决了问题而已。

我简单搜索了一下两者的setup.log文件,发现腾讯云的ubuntu14之所以会failed,是因为好几个perl模块没有自动安装成功。

XML::DOM

XML::Parser

Bio::FeatureIO

List::MoreUtils

我只好用cpan手动安装了这几个模块:http://www.biotrainee.com/thread-1257-1-1.html

当然,这些模块不安装也不影响简单试用。

理论上成功之后,两个测试数据是可以直接访问了的,如下:

http://your.jbrowse.root/index.html?data=sample_data/json/volvox

http://your.jbrowse.root/index.html?data=sample_data/json/yeast

我是在我们论坛上面安装的,所以应该是:

http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/index.html?data=sample_data/json/volvox

http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/index.html?data=sample_data/json/yeast

只访问测试数据当然不算成功啦,我们要学会自己做数据,这里我选择bowtie2自动的参考基因组和测序数据来用Jbrowse格式化好数据以供访问。

wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.9/bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip

unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip

有了这些测试数据,我们就可以先看看示例数据是什么,然后把我们的测试数据做出那个样子:

可以看到里面有3个文件夹,其中seq是存放json格式化的参考基因组的。

mkdir bowtie2_data

第一步,准备参考基因组

bin/prepare-refseqs.pl --fasta bowtie2-2.2.9/example/reference/lambda_virus.fa --out bowtie2_data/

这个时候已经可以浏览配置好的基因组了

http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/index.html?data=bowtie2_data

第二步,准备特征序列

貌似这个测试数据没有,因为这个是病毒基因组,如果有的话用下面 命令即可。

bin/flatfile-to-json.pl --[gff|gbk|bed] <flat file> --tracklabel <track name> [options]

只有两个必要的参数, --gff/bed用来指定数据格式,而 --tracklabel 用来给track设定ID(track 的身份证号),非必需的 --key参数可以理解为track 的名字

第三步,准备展示数据

这里是sort好的bam文件的比对结果。

./bowtie2-2.2.9/bowtie2 -x ./bowtie2-2.2.9/example/index/lambda_virus -U ./bowtie2-2.2.9/example/reads/longreads.fq | samtools sort -O bam -o test.bam

samtools index test.bam

要运行上面代码必须保证samtools 版本是最新的,比如Version: 1.3.1

然后就修改 tracks.conf文件即可,文件内容如下:

[tracks.alignments]

urlTemplate=../test.bam

type=Alignments2

以上3个步骤并不是都一定要做,只有参考基因组也可以的。参考基因组+bam文件也可以。

结果展示如下:

http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/index.html?data=bowtie2_data

这个网页粗看起来就这样了,但是细节很坑的,需要花费时间还是挺长的,如果想真正做到定制化。

http://gmod.org/wiki/JBrowse_Configuration_Guide

点击原文链接去我们论坛看看吧~

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee),作者:jimmy

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2017-03-28

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • 还缺医学图像影像处理素材吗

    TCIA is a service which de-identifies and hosts a large archive of medical image...

    生信技能树
  • 什么,你一定要基于FPKM标准化表达矩阵做单细胞差异分析

    前言:使用GSE81861提供的数据,比较CRC肿瘤上皮细胞与正常上皮细胞的差异。

    生信技能树
  • 生存分析就是一个任人打扮的小姑凉

    我这里选择最方便的 网页工具:https://xenabrowser.net/heatmap/ 选择合适的数据集及样本信息还有基因来演示一下,随便选择一个基因...

    生信技能树
  • 什么是SAP HANA express edition

    SAP HANA, express edition is a streamlined version of SAP HANA that can run on l...

    Jerry Wang
  • 跨域解决方案介绍2,转自github.

    杭州前端工程师
  • Spring Cloud Zuul中路由配置细节

    上篇文章我们介绍了API网关的基本构建方式以及请求过滤,小伙伴们对Zuul的作用应该已经有了一个基本的认识,但是对于路由的配置我们只是做了一个简单的介绍,本文我...

    江南一点雨
  • 互联网寒冬大裁员,AI跻身2019年最赚钱职业TOP10(附薪酬表)

    最近,美国薪酬统计网站PayScale发布了一份报告,盘点了2018年最热门的职业,并预测2019年需求量最大的领域——云计算、AI。

    新智元
  • 加加减减的奥秘——从数学到魔术的思考(一)

    在前面的《reverse原理的魔幻艺术》)(可查看历史消息或点击数学魔术菜单,传送门:Reverse原理背后的数学和魔幻艺术)一文中,我们提到了扑克牌的基础手法...

    magic2728
  • 趋势:从云到多云,超融合与云管平台(CMP)如期而遇

    在IT基础设施领域,超融合基础架构(Hyper-Converged Infrastructure,HCI,以下简称为超融合)在近几年备受瞩目,凭借井喷式的市场增...

    FIT2CLOUD飞致云
  • 超融合设备如何影响私有云部署

    超融合设备为构建云计算基础设施提供了低风险的选择。这些预集成系统包括商业化的服务器和多个驱动器,以及允许在计算集群上共享这些驱动器的必要软件。 对于硬件专业知识...

    静一

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券