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文章/答案/技术大牛

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LV1

发表了文章 9小时前2025-04-22 10:23:12

优秀学员笔记—如何查看函数源代码？

泛型函数的具体方法（如 barplot.default、barplot.factor 等）才是真正实现功能的代码。那如何查看这些具体方法的源代码呢？

生信技能树 9小时前2025-04-22 10:23:13

源码、笔记、泛型、函数、数据类型

发表了文章 1天前2025-04-21 00:21:45

空转细胞生态位cell type niches：Nature杂志空间转录组文献分享（附代码和数据）

来源于 31例人类心肌梗死样本组织（Human myocardial infarction），做了配套的 snRNA-seq、snATAC-seq 以及 spa...

生信技能树 1天前2025-04-21 00:21:46

基础、可视化、数据、数据分析、cell

发表了文章 2天前2025-04-19 23:54:02

mistyR：空间转录组共定位分析

mistyR 可以借助cell2location反卷积的细胞亚群关注共定位情况，可以提供：

生信技能树 2天前2025-04-19 23:54:02

object、spatial、模型、软件、数据

发表了文章 4天前2025-04-18 14:11:57

SCpubr：一个单细胞数据绘图大全的R包

学习网址：https://enblacar.github.io/SCpubr-book-v1/

生信技能树 4天前2025-04-18 14:11:57

final、legend、sample、数据、图表

发表了文章 4天前2025-04-18 14:10:09

scATAC-seq分析之CellRanger-ATAC定量

现在来看看上游 cellranger atac定量吧，下次再看实验原理，再下次就看文献中的应用！

生信技能树 4天前2025-04-18 14:10:09

数据分析、https、cell、chromium、数据

发表了文章 6天前2025-04-16 16:06:07

python版本单细胞数据基因集打分并可视化

单细胞数据的不同基因集打分有非常广泛的应用，比如文献《Single-cell dissection of cellular and molecular feat...

生信技能树 6天前2025-04-16 16:06:08

数据库、函数、可视化、数据、python

发表了文章 7天前2025-04-15 14:01:27

高分杂志同款单细胞堆叠小提琴图：Mol Ther（IF=12.4/Q1）

今天来看看如何使用堆叠小提琴图展示你的特征基因，这个需求在单细胞分析中也是非常常见。图来自文献《Single-cell dissection of cellul...

生信技能树 7天前2025-04-15 14:01:27

对象、函数、集合、排序、数据

发表了文章 8天前2025-04-14 11:26:47

单细胞数据重新挖掘会有什么意外惊喜吗？（IF=12.4/Q1）

今天分享的一篇文章，本来是看看肾脏组织中的各种上皮细胞的分类，但是注释的时候却有个小插曲，下面来看看~

生信技能树 8天前2025-04-14 11:26:47

int、编码、集合、技巧、数据

发表了文章 9天前2025-04-13 17:31:14

单细胞表达量矩阵读取后居然是一个长度为3的list对象

发来的数据集为 GSE243665：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243665

生信技能树 9天前2025-04-13 17:31:15

数据、数据分析、data、list、对象

发表了文章 9天前2025-04-13 17:31:06

SpaGene：识别空间模式与配受体共定位

SpaGene 是一种新型的空间组学分析方法，无需依赖模型，能够快速在大规模空间组学研究中识别空间模式。它在分析模拟数据和真实空间转录组学数据时表现优于现有方法...

生信技能树 9天前2025-04-13 17:31:06

编码、量化、数据、网络、原理

发表了文章 11天前2025-04-11 13:59:44

中性粒细胞的质量值到底是多低呢？

今天来看看一篇文献中使用BD单细胞测序技术，鉴定到的一大群中性粒细胞，这就来分析看看！多一点对中性粒细胞的实际认知~

生信技能树 11天前2025-04-11 13:59:45

cell、int、label、对象、数据

发表了文章 12天前2025-04-10 10:21:21

在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（六）：差异 peaks 分析

本帖子学习资源：https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ATACseq/

生信技能树 12天前2025-04-10 10:21:21

数据分析、https、教程、软件、数据

发表了文章 13天前2025-04-09 11:09:09

做单细胞和空转必须了解的AnnData数据结构

图解如下：https://anndata.readthedocs.io/en/stable/index.html

生信技能树 13天前2025-04-09 11:09:09

对象、可视化、数据、数据结构、pca

发表了文章 15天前2025-04-07 09:23:42

一篇新鲜出炉IF10+Q1的空间转录组数据挖掘文章

Note：这个地方文章中其实还缺少一块，没有提到数据是否进行了整合分析以及是否去批次。文章提供的代码是没有合并在一起分析的，但是文章的空转的图又都是使用同一个c...

生信技能树 15天前2025-04-07 09:23:42

基础、数据、数据挖掘、数据分析、image

发表了文章 15天前2025-04-06 22:25:46

空间转录组数据注释分析：RCTD反卷积(Nature Biotechnology IF: 33.1)

本次使用数据为 hippocampus Visium 数据，首先，使用一个已经注释好的单细胞数据海马体数据集对空间数据用RCTD进行细胞注释，然后做区域差异表达...

生信技能树 15天前2025-04-06 22:25:46

cell、int、对象、教程、数据

发表了文章 17天前2025-04-05 14:47:45

巨噬细胞的Marker基因

髓系分类结果中的巨噬/单核结果：这里面就有组织驻留特异性巨噬细胞 alveolar macrophages

生信技能树 17天前2025-04-05 14:47:45

https、architecture、cell、com、marker

发表了文章 18天前2025-04-04 15:59:39

做跟随式的科研有意义吗？（原文来自于章冰（美国贝勒医学院））

跟随研究（或称为“Me-Too”研究）通常指的是在已有研究基础上进行的模仿或扩展工作。这类研究在科学进步中扮演着复杂的角色，既有积极的一面，也有潜在的消极影响 ...

生信技能树 18天前2025-04-04 15:59:39

模型、数据、网络、系统、基础

发表了文章 18天前2025-04-04 15:58:49

一个成年小鼠大脑的scATAC-seq：Signac

scATAC-seq用的最多的包就是Signac包了，这个包来自Seurat包的扩展，分析步骤等跟Seurat非常像，下面来看看。

生信技能树 18天前2025-04-04 15:58:49

数据、object、对象、函数、可视化

发表了文章 20天前2025-04-02 11:19:32

空间转录组数据注释分析：Cell2location反卷积(Nature Biotechnology IF: 33.1)

这个方法需要性能比较高的计算资源配置，如果有GPU显卡会大大的缩短运行建模的时间，如果你没有，可以考虑生信技能树的共享服务器，只要800一年，内存2T，配置20...

生信技能树 20天前2025-04-02 11:19:32

模型、软件、数据、cell、可视化

发表了文章 21天前2025-04-01 10:19:25

顶刊杂志Nat Med.(IF=58.7)同款GSVA打分结果可视化

这个打分的双向条形图我印象中最深的是他出现在2018年8月24发表在顶刊杂志Nat Med.(IF=58.7)中，文献的标题为《Phenotype moldin...

生信技能树 21天前2025-04-01 10:19:25

plot、可视化、入门、数据、nat

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