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LV1
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关键问题答疑:WGCNA的输入矩阵到底是什么格式

这样的问题我其实被问过好多次了,因为这次是学员提问,虽然已经过了一个月的答疑期,但是情谊还在,所以就系统性的回复一下。

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httpsGitHub网络安全Git开源
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使用一些机器学习的指标把HCC病人分成2类逆向收费读文献2019-21)

癌症具有普遍的异质性,HCC也不例外,不同的组学数据不同计算方法可以把HCC稳定的聚为2~6类,有一个研究整合了256个HCC病人的mRNA, DNA meth...

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深度学习数据库SQL
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ChIP‐Atlas(逆向收费读文献2019-21)

本次分享的文献发表了一个网页数据库,把其它数据库(GEO, ArrayExpress, DDBJ, ENCODE等等)的表观数据(主要是ChIP-seq and...

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HTTP数据库SQLhttps网络安全
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多种批次效应去除的方法比较

前面我在生信技能树推文:你确定你的差异基因找对了吗? 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分,而是不同人之间的异质性非常高,这个...

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批量计算数据分析
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scTrio-seq(逆向收费读文献2019-15)

本次分享的文献发表于2018年11月30日,在Science 杂志,“Single-cell Multi-omics Sequencing and Analys...

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HTTP
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下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了

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了解一下CRC稳定的分子分型

值得一提的是,居然还有 CRC Subtyping Consortium (CRCSC) 这个组织。有趣的是,不同癌症的分子分型的研究程度很不一样!

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学徒考核-计算wes数据的全部外显子的平均测序深度

每个坐标的测序深度取平均值即可,可以写一个简短的perl脚本,或者直接读入该文件到R语言,总之对20多万个外显子都计算一个平均测序深度即可。

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数据库SQLR 语言
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肾癌单细胞(逆向收费读文献2019-17)

2018年发表于science杂志,文章是:Single-cell transcriptomes from human kidneys reveal the c...

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数据分析
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基因家族分析之获取全部cDNA碱基序列构建进化树

现在让我们看第一个教程,以趋化因子基因家族为背景来获取序列进行多序列比对后绘制系统发育树。

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数据库SQLhttps网络安全
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如果传统bulk转录组数据队列足够大也可以使用单细胞流程

还给出了一些简单代码,就是看看样本聚类情况,然后留成作业给另外一个学徒,看单细胞R包Seurat的FindAllMarkers函数对7个亚型找到的marker基...

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编程算法数据分析
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阅读量过万的conda使用总结,跨越一年的更新

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本(这里的常用不代表你常用 微笑.jpg),miniconda则是精简版...

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Anacondahttps网络安全
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GSVA可以理解为pathway级别的差异分析

不过,标准分析通常是不够的,定位到成百上千个有统计学显著变化的差异表达基因后,同样是有成百上千个生物学功能注释(GO功能和KEGG通路),普通的超几何分布检验已...

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Go
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生信分析人员如何系统入门python(2019更新版)

一般来说,使用 Python 做生信有两种情况:一种是专门分析生物学数据(主要是各种组学),以调包为主,日常工作就是熟悉各种包的文档,写各种脚本串联工具分析流程...

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PythonPerl数据分析Anaconda
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一文看懂WGCNA 分析(2019更新版)

不过,我这点战绩根本就算不上什么,其实这个WGCNA包已经是十多年前发表的了,仍然是广受好评及引用量一直在增加,破万也是指日可待。

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