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在ATAC-seq中，可以检查比对上的reads在染色体上的分布情况，使用idxstatsBam()函数来检查每个染色体上比对上的reads数量。
前面我们给大家介绍了非常好的 ATACseq数据分析 pipeline指导综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全。
我分析的单细胞数据为急性肾功能损伤的组织样本，共13个样本。数据下载链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/omix/release/OMIX00...
关于python学习的环境搭建，推荐：vscode + jupter + 服务器，可以随便搜一个教程安装一下~这里不再描述。
今天来看看如何展示你的特征基因，这个需求在单细胞分析中非常常见。图来自文献《The aged tumor microenvironment limits T c...
单个基因在单细胞里面如何分析呢？ 这篇帖子中 探讨了 关键基因 CCL2 在单细胞中的表达，并以其表达与否将细胞分成了 CCL2+ 细胞和 CCL2-细胞，并展...
可以按照组织，疾病，收录的项目Project等下载，下载还提供了两种 原始的count.h5ad 以及带有数据处理和注释的 h5ad，真的太棒啦！
上一期我们学习了使用python读取单细胞和空转数据（10X visum低分辨率）：
上一期我们学习了使用python读取不同的单细胞数据：python版读取不同的单细胞数据格式（单样本与多样本），今天来看看使用python读取空间转录组的数据。
含义：作者对一组基因 PDAC KRAS-ERK UP essential genes 进行KEGG，GOBP，GOCC 以及 REACTOME 进行 ORA ...
今天继续来学习他的代码wiki上的：https://github.com/RegnerM2015/scENDO_scOVAR_2020/wiki
最早看到这篇文章在某公众号：发现Cell文章“造假”，怎么办？？。他质疑了作者的单细胞数据分析结果有问题，下面来看看这篇 Cell文章中有什么古怪呢！！！
之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全 和 Omni-ATAC：更新和优化的ATA...
这个问题有两个学生反馈过，但我又重复不出来这个报错，所以先帮他们搞定了需要的文件，然后准备找个网络好的时间远程看看。
前面我们已经介绍了如何在umap图上加圈：给你的单细胞umap图加个cell杂志同款的圈，以及绘制星系umap图：5种方式美化你的单细胞umap散点图，那两者组...
这两个数据集分别是：2012年update 在GEO上的 GSE41258，以及 2015年 update的GSE68468
以前的专辑见：wgcna，以及 githut上的代码：https://github.com/jmzeng1314/my_WGCNA
随手一搜，找到一个帖子：https://zhuanlan.zhihu.com/p/12861008987#:~:text=%E4%BD%BF%E7%94%A8%...
我们每一次的绘图不光光只有绘图的技巧，还带有对文章提供的原始数据处理小技巧，大家可不要忽略了这个呀！还有图和数据在这篇文章中的应用，都是可以学习的！
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