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基于肿瘤外显子数据看复发鼻咽癌的特异性突变

普通的肿瘤外显子队列在这个鼻咽癌领域既然已经被相继发表了,后面的类似的肿瘤外显子研究就必然加入全新元素,比如聚集到生存意义:

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数据分析
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2款最适合单细胞数据分析的服务器配置

目前,绝大部分小伙伴手上的单细胞转录组数据仍然是一个样品3万人民币左右的时候产出的,而单个项目通常是好几个甚至十几个或者几十个10x样品,取决于财力。

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数据处理存储
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临床蛋白质组九步走

基于文章主图,我们将临床蛋白质组的处理步骤分为的实验处理,质谱分析和生信分析共9步,分别进行简单介绍:

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数据分析腾讯云开发者社区
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中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列

主要是因为前面已经有了新加坡和香港的鼻咽癌肿瘤外显子队列做了一些描述性研究,所以本文只能是落脚在预后才有可能异军突起。详见:

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肿瘤外显子结合全基因组结合看鼻咽癌的突变激活通路

所以后面想继续做同样的技术同样的癌症,就必须要有新颖之处了,比如于 2017年发表在 NATURE COMMUNICATIONS ; 杂志的文章:《Exom...

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Android数据分析
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新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列

本次研究纳入了128个NPC患者,涉及3种技术,包括:whole-exome and targeted deep sequencing, as well as ...

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硬件开发
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香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列

肿瘤外显子和捕获测序,就是普通的fastq数据文件的找变异啦,如果你也有类似的肿瘤外显子测序数据,可以看《肿瘤外显子》专栏的目录(节选)如下:

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升级了R4.2的好处

然后重新安装了最新版R,并且重新一次性安装了一千多个包,这次居然有意外收获,莫名其妙的我可以在线直接安装GitHub包啦:

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GitHubGit开源
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先差异后GSEA呢还是先ssGSEA后差异呢

我们一直以来都是给大家前面的两个方案,就是一定要先根据表达量矩阵做不同分组的差异,而且两者的结果一致性都还不错。但是前面的两个方案都会手动一个批次效应的影响,如...

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数据分析
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ggplot的aes和aes_string的差异

总共是26个基因,它们都是在case 和 control两个分组需要看表达量差异,而且case 和 control两个分组内部都是10个病人。

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httpsHTTP编程算法网络安全数据结构
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原发肿瘤和转移瘤的哪个多组学层面的差异大?

2020年11月的文章《 Integrated Omics of Metastatic Colorectal Cancer》就是多组学肿瘤研究的佼佼者,基于多组...

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数据结构https网络安全腾讯云开发者社区
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2022年6月_生信入门班_微信群答疑笔记

数据框取子集,不写逗号只写数字[n]时,默认是取第n列,并且保留数据框这个数据结构

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https网络安全
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2022年5月_生信入门班_微信群答疑笔记

上面提示你已经安装过了,不需要重复安装。记住检查安装是否成功的唯一标准就是library,library一下看看

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Git
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2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记

不使用下载速度会慢,甚至失败。如果你人在海外的话,在自己的电脑上安装,建议找一个离自己近的镜像地址。当然你也可以先试试看我们给大家推荐的这个,如果下载速度肉眼可...

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https网络安全
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癌旁的正常组织都是naive的CD4和CD8阳性T细胞吗?

因为目前单细胞价格仍然是居高不下,所以很少有实验能覆盖全部的样品类型,一般来说能选择其中三两个组就很好了,比如:

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数据分析
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影响差异分析后的火山图的对称性的因素有哪些?

这个有点丑的火山图对应的文章是:《In vivo transcriptional analysis of mice infected with Leishman...

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Linux数据分析https网络安全Go
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整个单细胞数据集进行拟时序分析合理吗?

参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分,包...

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数据挖掘腾讯云开发者社区
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听说你的拟时序图跑的像蜈蚣

文章是:《Defining the emergence of myeloid-derived suppressor cells in breast cancer...

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腾讯会议GitHubhttpsGit开源
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网页工具能解决一切问题?

其实我压根不关系学员代码写的是否正确,或者说网页工具是否严谨,既然是在质疑表达量高低,那么很明显自己绘制箱线图肉眼确定一下即可,很明显是一个在肿瘤里面下调的基因...

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硬件开发数据分析
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小鼠-单端测序转录组实战(PRJNA824605)

所以还是得回到我们:最低仅需800,就有一个生信工程师为你服务! ,虽然都是常规分析,各种ngs组学的上游分析流程都有:

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SQL数据库数据分析

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