生信技能树

文章/答案/技术大牛

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LV1

发表了文章 14小时前2025-06-29 09:07:26

bulk RNA-seq反卷积新包：granulator，来看看！

近年来已经发表了多种解卷积方法，其中许多使用细胞类型特异性的基因表达参考。在这里，作者介绍了granulator，这是一个R软件包，它提供了一个统一的测试接口，...

生信技能树 14小时前2025-06-29 09:07:26

数据、算法、性能、测试、函数

发表了文章 1天前2025-06-28 13:26:17

空间转录组多样本整合分析：选seurat的CCA还是harmony呢？

空间转录组多样本分析时应不应该去批次呢？去批次应该选择哪个方法呢？这是我更新空转系列文章以来遇到的最多问题啦！还有一些其他的诸如：

生信技能树 1天前2025-06-28 13:26:18

入门、数据、算法、迁移、监控

发表了文章 1天前2025-06-28 13:24:30

空间转录组拟时序分析：stLearn（Nature Communications， IF=16.6/Q1）

stLearn算法早在2020年5月就发在了bioRxiv preprint，终于在2023年12月25号正式发表在Nature Communications杂...

生信技能树 1天前2025-06-28 13:24:31

label、教程、数据、算法、data

发表了文章 3天前2025-06-26 09:06:43

还在使用同源基因转换获取非人类物种基因集吗，那你就out啦！来看看这个方法

今天分享业内大佬顾祖光的一个包，这个软件包旨在提供一个关于基因集富集分析的全面介绍，超棒的一个包，分享给大家~

生信技能树 3天前2025-06-26 09:06:44

db、二进制、函数、数据、数据库

发表了文章 5天前2025-06-24 10:11:10

B细胞亚群中存在Breg亚群（regulatory B cells，Breg）吗？

然后经过质控，并降维聚类分群，harmony去批次，使用下面的基因先来注释一下大的亚群，提取出B细胞亚群后做亚群细分。

生信技能树 5天前2025-06-24 10:11:10

编码、数据、微信、list、marker

发表了文章 6天前2025-06-23 12:39:07

nature文章推荐的能区分转录组数据性别的基因列表

在附件的 Extended Data Fig. 8 | Quality control of microarray data. 的panel C 提供了这样的区...

生信技能树 6天前2025-06-23 12:39:07

数据处理、翻译、数据、异常、数据库

发表了文章 6天前2025-06-23 12:27:54

python版本的差异表达基因火山图绘制

https://matplotlib.org/stable/plot_types/basic/scatter_plot.html#sphx-glr-plot-t...

生信技能树 6天前2025-06-23 12:27:54

百度、数据、统计、芯片、python

发表了文章 8天前2025-06-21 11:27:05

服务器安装R包终极大法！

此外，我们生信技能树每个月都有一期带领初学者，0基础的生信入门培训，会有各种贴心的答疑，最新一期在7月3号，感兴趣的可以去看看呀：7月3日开课：生信入门&数据挖...

生信技能树 8天前2025-06-21 11:27:06

服务器、镜像、搜索、网络、终端

发表了文章 10天前2025-06-19 08:51:04

空间转录组细胞通讯分析：CellChat v2（Nature Protocols，IF: 16.0/Q1）

软件于2024年9月16号更新发表在Nature Protocols杂志上，文献标题为《CellChat for systematic analysis of ...

生信技能树 10天前2025-06-19 08:51:04

对象、数据、通信、网络、protocols

发表了文章 12天前2025-06-17 08:38:18

科研结果可视化好坏之间的区别：也就是发一篇顶刊杂志文献的区别吧

今天给大家推荐一本超级棒的R绘图，给你的R绘图书单新增一本书吧：《Fundamentals of Data Visualization》。

生信技能树 12天前2025-06-17 08:38:18

函数、可视化、数据、数据可视化、变量

发表了文章 13天前2025-06-16 11:15:32

空间转录组细胞通讯分析：COMMOT（Nature Methods，IF: 36.1）

学习节奏：1看文献了解原理，2看官方说明手册，3运行官网示例，最后就是看这个算法在一些高分文献中的应用啦！

生信技能树 13天前2025-06-16 11:15:33

数据、算法、原理、methods、可视化

发表了文章 14天前2025-06-15 10:24:05

多个基因的外显子区域坐标重叠后如何定量呢？

最近合作者发现我们的差异分析结果里面没有CCR5这个基因，就值得深思了。我回到了表达量矩阵看了看它因为表达量极低被过滤了，而它的CCR5AS基因却还有不错的表...

生信技能树 14天前2025-06-15 10:24:06

数据、原理、数据分析、编码、工程师

发表了文章 16天前2025-06-13 12:37:03

区区7个肿瘤病人单细胞样品就近20万细胞吗

可以看到，仅仅是7个病人，但是文章写到：We constructed a single-cell atlas for 184,426 high-quality...

生信技能树 16天前2025-06-13 12:37:04

图表、cell、im、表格、数据

发表了文章 18天前2025-06-11 12:45:27

Science杂志同款：又一款好看的火山图

今天的这篇文献《「Determining the ERK-regulated phosphoproteome driving KRAS-mutant cance...

生信技能树 18天前2025-06-11 12:45:28

数据、data、diff、table、text

发表了文章 20天前2025-06-09 21:19:08

Cell杂志同款：单细胞亚群组间差异基因排序气泡图

该部分展示了结肠炎相关细胞簇（5-8cluster）与非结肠炎相关细胞簇（1-4cluster）之间显著差异表达基因的排名。研究者对这些基因进行了筛选，标注了前...

生信技能树 20天前2025-06-09 21:19:08

size、镜像、排序、数据、cell

发表了文章 20天前2025-06-09 21:17:10

单端测序转录组实战：GSE211266（物种小鼠）

对应的文献为 https://www.nature.com/articles/s43018-025-00975-6，于2025年5月26号发表在Nature C...

生信技能树 20天前2025-06-09 21:17:11

数据库、服务器、软件、数据、索引

发表了文章 20天前2025-06-09 21:14:37

绘制空间转录组的反卷积注释结果饼图：R包STdeconvole的函数

我们这一次使用另外一个空间转录组反卷积的办法来进行可视化：STdeconvolve！

生信技能树 20天前2025-06-09 21:14:38

软件、数据、算法、函数、可视化

发表了文章 20天前2025-06-09 21:13:40

最讨厌这样的样品命名体系

最近看到了一个转录组-时间序列的实验设计，数据分析环节开创了TrendCatcher这个分析方法，就安排我们马拉松授课的学员们试试看，复现一下。

生信技能树 20天前2025-06-09 21:13:40

函数、排序、字符串、数据库、numbers

发表了文章 20天前2025-06-09 21:12:28

如何从ENA数据库批量下载fq数据与表达矩阵（代码版）？

其他信息见页面：https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-7918，可以知道这个项目是T细胞免...

生信技能树 20天前2025-06-09 21:12:28

镜像、数据、数据库、ftp、https

发表了文章 20天前2025-06-09 21:10:58

听说 SPOTlight 饼图函数绘图方向是反的：一身反骨！

在这个帖子中：用 SPOTlight 的函数绘制空转Seurat注释结果的大饼子！，眼明心亮的网友留言说在这里观察到了：饼图绘图中上下方向颠倒了。提问如下

生信技能树 20天前2025-06-09 21:10:58

函数、入门、数据、源码、ggplot2

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