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如何获取非模式生物KEGG PATHWAY的基因集并用clusterProfile做GSEA?

写此文档的缘由:在做GSEA分析时,由于研究的是非模式生物,从Broad Institue开发的MSigDB没有找到合适的预设基因集,没办法顺利进行GSEA. ...

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conda管理C源代码程序的时候总是出现库文件冲突或者缺失

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三阴性乳腺癌表达数据探索笔记之GSVA分析

GSVA对数据库中的每一个通路在每个样本中算了一个值,相当于GSEA的enrichment score, 如果得分越高,说明这个通路在该样本中被改变的越严重。

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三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之GSEA

基于超几何分布检验的富集分析做KEGG数据库的时候,它总共只有七千多个基因,人类总的背景基因有两万多个,被KEGG记住的只有6500个(一直在增加),假设一条通...

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根据坐标在基因组上面拿到碱基序列来设计引物

如果仅仅是一两个位点, 我们可以很容易通过各种各样的网页工具去查询到它的序列信息,但是高通量测序的结果往往是成千上万的,就算是节省成本,一般来说也会挑选100个...

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仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析

它里面提供了其RNA-seq项目的数据库链接在:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB36947,有意思的是我...

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三阴性乳腺癌表达数据分析笔记之TNBC定义

接下来的分析就不是表达矩阵的标准分析了,而是这个表达矩阵背后的生物学故事的相关分析:

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在Linux服务器里面安装GISTIC软件

GISTIC软件的使用有两个难点,一是在linux下面安装matlab工作环境,二是如何制作输入文件。

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朋友圈选美大赛

我觉得好好玩,就转发到了自己的朋友圈,果然感兴趣的小伙伴超级多,太多人询问如何绘制这张图,我就委托公众号:《 医学僧的科研日记》写一个笔记,如下:

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TCGA官方数据挖掘文章教你机器学习or深度学习

最近我们又组织了:《机器学习加深度学习资料大放送(附上资料群)》交流群,感觉吧,大家松鼠症发作收集整理了大把资料最后却束之高阁,也不是一个事啊。所以就安排学徒系...

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三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之差异性分析

==Note== : 第一个基因是随机挑选的,虽然在两个类群中有差异性,但是从图上可以看出,noTNBC 有一部分是被包含在TNBC中的,并不是完全独立分离的关...

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三阴性乳腺癌表达矩阵探索之数据下载及理解

对文献解读的第三篇文章==Identification of Key Genes and Pathways in Triple-Negative Breast ...

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现在单细胞还想“水”CNS恐怕得多组学了

两年前大家仍的都是一些图谱类的研究,不同的物种不同的器官组织测个十万左右的单细胞就是CNS文章啦,因为都是开创性的研究啊。微信群的大伙都是酸这些CNS说,只有有...

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都已经开始挖掘空间单细胞转录组数据了

也就是说,大概率上你感兴趣的疾病都会有现成的公共数据,你完全可以选择从你感兴趣的角度来对它进行分析。而不是跑一下各个标准代码,得到一个唾手可得的结论糊弄大家。科...

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使用MuSE软件找somatic mutation

软件链接是:MuSE (http://bioinformatics.mdanderson.org/main/MuSE), 大名鼎鼎的 MD Anderson ...

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使用SNVSniffer软件找somatic mutation

SNVSniffer and synthetic samples are publicly available at http://snvsniffer.sou...

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为什么你画的Seurat包PCA图与别人的方向不一致?

但是我看了看《单细胞天地》的优秀学员, 他的教程:Seurat包基本分析实战—文献图表复现,并没有遇到类似的问题。

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三阴性乳腺癌表达数据分析笔记之PAM50

取出PAM50基因,根据这些基因的表达了绘制热图,并添加分组信息,与原始分组(TNBC,noTNBC)进行对比。

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二十年前做科研你只需要检测一些基因在一些癌症细胞系表达量情况即可

检测的基因是 CUL-5: 以及 other CUL family members (CUL-1, -2, -3, -4A, and -4B) 。实际上哺乳动...

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根据CCDS数据库信息拿到全部外显子坐标

也就是说我三五年前写的很多教程需要更新了,那个时候使用的还是 CCDS.20161208.txt 这样的文件,在文章可以看到CCDS数据库的一些最新动态:

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