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药物预测之差异基因为什么不行

现在可以尝试一下理解药物预测的原理啦,首先呢在前面的教程 药物预测之相关性为什么不行,我们发现简简单单的表达量相关性居然都可以勉勉强强得到还算是合理的结果啊!现...

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表达量和拷贝数两个层面数据可以找到肺癌驱动基因吗?

表达量芯片差异分析阈值:a false discovery rate (Benjamini–Hochberg test) adjusted p value of...

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药物预测之相关性为什么不行

现在可以尝试一下理解药物预测的原理啦,首先我们看看仅仅是相关性,能不能搞定药物预测!

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ChIP-seq数据分析课程学习笔记之peaks的可视化

其中中国医科大的“小高”同学给大家带来的就是ChIP-seq数据分析实战视频课程的配套笔记,希望可以帮助大家更好的吸收消化课程内容!

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药物预测R包之pRRophetic

还可以尝试一下同一个团队早在2014年就出品的R包之 pRRophetic ,也可以对你的表达量矩阵进行药物反应预测啦!很有意思的是这个包虽然是2014就发表了...

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绘图资源sthda推荐

其实我们做分享这近十年,很多资源都是反复分享了,只不过呢很多小伙伴都是关注咱们《生信技能树》时间不长,所以很有必要再次把以前推荐的资料重新发一次。比如:sthd...

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药物预测R包之oncoPredict

现在我们可以尝试一下使用R包之oncoPredict对你的表达量矩阵进行药物反应预测啦!

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绘图资源rpubs推荐

不可否认的是里面的优秀资源确实不少,比如;https://rpubs.com/Mentors_Ubiqum/geom_col_1 一步步带你绘制各种各样条形图:

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药物预测之认识表达量矩阵和药物IC50

那么,比较权威的资源一般就是Cancer Therapeutics Response Portal (CTRP) 和 Genomics of Drug Sens...

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m6A图文复现08-Peak结果可视化metaPlotR

上一期我们使用了Guitar包对Peak结果进行可视化,见:m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图

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生存分析有必要把连续值依据中位值进行高低分组变成分类变量吗

但是呢,我们其实是根据每个癌症内部自己的 estimate 的StromalSignature 和 ImmuneSignature的打分的中位值,首先分成为了...

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R包安装失败居然真的是版本问题

我下意识的认为他应该是有其它错误,但是看大家在群里讨论的热火朝天, 我就去试了试。首先看了看最原始的安装方式:

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estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗

都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析,也有几百篇类似的数据挖掘文章了,它们总是喜欢落脚到estimate或者CIBERSORT结果的预后意义。

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引入肿瘤分子分型能提供临床分期的预后能力吗

我们首先看看 Biphasic mesothelioma 内部的stage是否有生存意义 ,代码如下所示:

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是否所有的癌症的TNM分期都有生存预测意义

在 https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/pancanatlas 页面下载 即可,简单的归纳整理后:

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使用R语言的parallel包调用多个线程加快数据处理进度

使用方法非常简单, 就是 makeCluster 函数定义好需要并行计算的线程数量,然后之前的apply家族循环就区别在函数名字前面加上par的签字,比如 l...

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多时间点连续的药物处理看转录变化经典例子

虽然如此,它的实验设计还是可圈可点,值得推荐,比如 :Figure 3. Rapid conversion of colonocytes to enterocy...

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再次强调表达量矩阵分析一定要三张图

如果分组在3张图里面体现不出来,实际上后续差异分析是有风险的。这个时候需要根据你自己不合格的3张图,仔细探索哪些样本是离群点,自行查询中间过程可能的问题所在,或...

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ChIP-seq数据应该是看peaks呢还是看motif

通常情况下,我们认为转录因子在某个基因的启动子区域结合是调控关系,靶基因。但是这个SATB2居然绝大部分的结合位点都不是各个基因的启动子区域,就很尴尬了。不过,...

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表达量矩阵全部更改为0-1矩阵会影响降维聚类分群吗?

也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要,表达量高低也不是很重要,我们只需要知道它是否表达即可!

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