linux系统环境变量一文就够

Linux是一个多用户的操作系统。每个用户登录系统后,都会有一个专用的运行环境。 通常每个用户默认的环境都是相同的,这个默认环境实际上就是一组环境变量的定义。 环境变量是全局的,设置好的环境变量可以被所有当前用户所运行的程序所使用。 用户可以对自己的运行环境进行定制,其方法就是修改相应的系统环境变量。

环境变量有很多,需要重点理解的就是PATH,很多时候大家看到教程某些软件的使用,比如

mkdir -p  ~/tmp/chrX_Y/hg19/cd  ~/tmp/chrX_Y/hg19/#conda install -c bioconda bwa#conda install -c bioconda samtoolswget  http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrX.fa.gz; wget  http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrY.fa.gz; gunzip chrX.fa.gzgunzip chrY.fa.gzwget https://github.com/jmzeng1314/my-perl/blob/master/2.chrX-chrY/simulate.pl~/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/bwa index chrX.faperl simulate.pl chrY.fa~/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/bwa mem -t 5 -M chrX.fa read*.fa >read.samsamtools view -bS read.sam >read.bamsamtools flagstat read.bamsamtools sort -@ 5 -o read.sorted.bam  read.bamsamtools view -h -F4  -q 5 read.sorted.bam |samtools view -bS |samtools rmdup -  read.filter.rmdup.bamsamtools index read.filter.rmdup.bamsamtools mpileup -ugf ~/tmp/chrX_Y/hg19/chrX.fa  read.filter.rmdup.bam  |bcftools call -vmO z -o read.bcftools.vcf.gz

bwa软件就没有添加到环境变量,所以需要用全路径,指明使用电脑里面什么地方的bwa软件来做数据分析,而samtools我已经添加到环境变量了,所以可以直接调用。 而为什么没有把bwa添加到环境变量,是因为我的安装方式的问题,我的安装代码如下:

## Download and install BWAcd ~/biosoftmkdir bwa &&  cd bwa#http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.15.tar.bz2 tar xvfj bwa-0.7.15.tar.bz2 # x extracts, v is verbose (details of what it is doing), f skips prompting for each individual file, and j tells it to unzip .bz2 filescd bwa-0.7.15make#export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.7.15 # Add bwa to your PATH by editing ~/.bashrc file (or .bash_profile or .profile file)# /path/to/ is an placeholder. Replace with real path to BWA on your machine#source ~/.bashrc

可以看到我的bwa安装在 ~/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/ 目录,而且我并不想把它添加到环境变量。 假如我使用的是 conda install -c bioconda bwa 那么这个bwa软件就会被自动添加到环境变量,因为conda会帮我管理好所以软件。

而把安装好的软件添加到环境变量的方法有:

第一种方法

export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH  ## 先添加echo $PATH        ### 再查看

上述方法的PATH 在终端关闭后就会消失。所以还是建议通过编辑/etc/profile来改PATH,也可以修改家目录下的.bashrc(即:~/.bashrc)。只不过通常情况下普通用户都是修改自己目录下的 .bashrc文件。

第二种方法

vim /etc/profile在最后,添加:export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"保存,退出,然后运行:           source /etc/profile,不报错则成功。

当然,还有很多其它的环境变量,如下:

PATH:        决定了shell将到哪些目录中寻找命令或程序ROOTPATH:     这个变量的功能和PATH相同,但它只罗列出超级用户(root)键入命令时所需检查的目录。HOME:        当前用户主目录USER:         查看当前的用户LOGNAME:     查看当前用户的登录名。UID:         当前用户的识别字,取值是由数位构成的字串。SHELL:       是指当前用户用的是哪种Shell。TERM :       终端的类型。PWD           当前工作目录的绝对路径名,该变量的取值随cd命令的使用而变化。MAIL:        是指当前用户的邮件存放目录。HISTSIZE:    是指保存历史命令记录的条数HOSTNAME:    是指主机的名称,许多应用程序如果要用到主机名的话,通常是从这个环境变量中来取得的。PS1:         是基本提示符,对于root用户是#,对于普通用户是$,也可以使用一些更复杂的值。PS2:         是附属提示符,默认是“>”。可以通过修改此环境变量来修改当前的命令符,比如下列命令会将提示符修改成字符串“Hello,My NewPrompt :) ”。# PS1=" Hello,My NewPrompt :) "IFS:         输入域分隔符。当shell读取输入时,用来分隔单词的一组字符,它们通常是空格、制表符和换行符。

大部分并不需要背诵,我们要学会的其实是搜索技巧,碰到陌生的知识点,用于搜索。

当然, 对很多不希望太纠结的朋友,选择conda就足够了。

利用conda布署生物信息分析环境

其实Windows系统也是有环境变量的,只是很多朋友选择性的忽视掉了,因为Windows操作系统是界面版本的,所以只需要右键点击我的电脑进行属性,选择高级设置里面的环境变量即可。(好久没有用Windows,可能说的不太对,希望你自己去搜搜,尤其是你需要安装java等工具,可能会与环境变量打交道)

马哥linux视频里面有详细讲解这些细节问题,如果你看文字版本不能迅速理解,在生信技能树的公众号后台回复 马哥 可以拿到系列视频,推荐自行观看视频

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2017-12-13

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