编者注:本文来自生信编程直播课程讲师投稿,点击阅读原文可以跳转到大神的博客,欢迎点击! 以下为文章全文:
Python开发的方向太多了,有机器学习,数据挖掘,网络开发,爬虫等等。其实在生信领域,Python还显现不出绝对的优势,生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的,而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西,而且Python这些年越来越火,发展势头远超其他脚本语言,所以学它肯定是没错的。
入门比较难定义,什么程度才算入门呢?
后面有一个实例,如果你能简单的做完,那我敢肯定你已经入门了。
缩进:Python是通过代码缩进来决定代码层次逻辑的,一般约定使用4个空格
版本问题:主要包括2.x系列的和3.x系列的,两者语法不同且不兼容,有的模块只能在指定版本下安装。建议使用3.x Python,碰到特殊问题再去使用指定版本
文件编码声明:python会去环境变量里寻找python解释器。如果代码里有中文,则要以utf-8编码
#!/usr/bin/env python#-*- coding: utf-8 –*-
变量定义:使用前要先定义
dir():列出一个数据类型或对象的所有方法,非常好用,同help()
文件操作:f = open(),f.close();with open() as f: ,os.path.exists(),os.path.isfile(),os.path.abspath()
目录操作:os.mkdir(),os.rmdir(),os.listdir(),os.chdir()
开发环境选择:
# 字符串的内置函数,都比较有用'capitalize', 'casefold', 'center', 'count', 'encode', 'endswith', 'expandtabs', 'find', 'format', 'format_map', 'index', 'isalnum', 'isalpha', 'isdecimal', 'isdigit', 'isidentifier', 'islower', 'isnumeric', 'isprintable', 'isspace', 'istitle', 'isupper', 'join', 'ljust', 'lower', 'lstrip', 'maketrans', 'partition', 'replace', 'rfind', 'rindex', 'rjust', 'rpartition', 'rsplit', 'rstrip', 'split', 'splitlines', 'startswith', 'strip', 'swapcase', 'title', 'translate', 'upper', 'zfill'
数据结构就是一种容器,用于在内存中存放我们的数据。
列表:任意元素组成的顺序序列,以位置为索引。
# 列表的内置函数'append', 'clear', 'copy', 'count', 'extend', 'index', 'insert', 'pop', 'remove', 'reverse', 'sort'
元组:相当于不可变的列表,防止错误修改,节省内存开销。元组解包
# 元组的内置函数'count', 'index'
字典:键值对,没有顺序,键必须是常量。
# 字典内置函数'clear', 'copy', 'fromkeys', 'get', 'items', 'keys', 'pop', 'popitem', 'setdefault', 'update', 'values'
集合:没有顺序,元素之间没有重复,相当于舍弃了值的字典。集合操作(&,|,-,^,<,<=,>,>=)
# 集合内置函数'add', 'clear', 'copy', 'discard', 'pop', 'remove', 'update''isdisjoint','issuperset','issubset','symmetric_difference','difference','union', 'intersection', 'symmetric_difference_update','intersection_update','difference_update',
条件:if…else…
循环:for,while,break,continue
Python有着非常友好的模块安装方法,一个pip install命令几乎可以安装绝大多数的模块。建议使用模块前多看相关API文档。
最常用的模块有:sys,os,re,csv,gzip,fileinput,random,collections,time;百度上有很多很好的模块使用入门教程。
题目:从大量FASTA文件中提取指定序列,并对提取到的序列做某些处理(如求反向互补序列)
描述:假设你有很多测序数据,分别存储在不同文件夹的不同文件里,现在给你一些序列名,要求你从众多数据中提取出特定的序列。
PS:这里本来应该有大量实例,而且大神还亲自录制了好些视频,可以在我们论坛(http://www.biotrainee.com/forum-90-1.html)找到每个实例的详细描述以及代码和解题思路
思路:遍历每一个文件夹;遍历每一个文件;读取文件,判断序列,输出序列(处理),关闭文件;处理数据,添加一个函数即可。
当然这只是个噱头,精通的道路是无止境的,下面只是罗列了一些常见的高级特性。
Python只是一门编程语言,一种实现工具,我们可以用很多种语言来替换它,我们之所以选择Python,是因为我们喜欢它给我们带来的便捷。如果你想深入某个领域,其实真正重要的是技术背后的算法。