幸运的你,可以看到一个网页工具是如何开发成功的

一直都知道自己不擅长写代码,也实在是没有学过或者刻意锻炼过软件项目开发相关知识。但是对生物信息学来说,这些都是低频需求,除非是疯狂的热爱,一般我不会建议大家过多的关注这些`奇淫巧技`,而应该专注于科学问题本身。

这里,我有必要强调和解释一下,我并没有说CS不是科学,请大家不要给我戴帽子,O(∩_∩)O谢谢~

哦,圣诞帽还是可以的。

我以前给粉丝们系统设计过生信编程200题,理论上做完前面的20题,就差不多够了,如果不是专门往软件开发这个方向钻研,都没有太大的必要继续刻意提高编程能力了。

听说你需要编程练习题?

还有不少朋友误以为教编程需要跟着计算机专业的人来,需要跟着编程大牛学,这种想法就好像婴儿学步阶段给他请一个奥运冠军来教是一样的浅薄。

如果你的目的是了解编程,然后希望它可以在生信数据分析中用到,那么,我精选挑选的200题,就是你需要的。

不过,万一要开发软件呢?万一要写网页工具呢?

我还是用自己的例子给大家做一个示范,在这个时间点(2017年12月24日22:43:35)看到这个推文的朋友最幸运,可以持续follow下去,看看我是如何逐步完成这个网页工具的。

首先,大家可以先去我的github看看目前开发状态,如下:

https://github.com/jmzeng1314/exprSet

UI界面花了一个小时,这个真的很麻烦,当然,我说的不是代码方面的麻烦,而是设计这个东西,是我的短板,只能简单的堆砌一些控件而已。

丑到我自己都不想看下去 ,但是至少它是可以用的。

目前我只开发到了第一个界面的UI控件及其对应的响应关系,可以看到,用户已经是可以开始选择自己上传数据,或者使用我做测试的数据来进行表达矩阵的可视化了,其实就是 http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html 这个里面的函数包装一下,但是为什么会写这个网页工具,就是要给不怎么会代码,或者不想写代码的朋友用。

只需要选择加载测试数据

就可以达到如下的效果:

很明显,上面的表达矩阵里面的values的小数点太多了,需要修改。

然后,如果大家好(shou)奇(jian)的点击了RNA-seq测试数据,会发现下面的图很可怕。当然,这个也是需要修改的,如果是转录组的counts数据,我应该添加一个选项给大家,挑选一下normalization的方法。

最后,需要用户上传的3个数据文件,说明还不够详细。

好了,圣诞节五天假期还剩下两天,希望可以开发完。

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2017-12-24

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