前面介绍的Metropolis-Hastings采样为从指定分布中进行采样提供了一个统一的框架,但是采样的效率依赖于指定的分布的选择,若是选择的不好,会使得接受率比较低,大量的采样被拒绝,影响到整体的收敛速度。
Gibbs采样是Metropolis-Hastings采样算法的特殊形式,即找到一个已知的分布,使得接受率α=1\alpha =1。这样,每次的采样都会被接受,可以提高MCMC的收敛速度。
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Date:20160704
@author: zhaozhiyong
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import random
import math
import matplotlib.pyplot as plt
def p_ygivenx(x, m1, m2, s1, s2):
return (random.normalvariate(m2 + rho * s2 / s1 * (x - m1), math.sqrt(1 - rho ** 2) * s2))
def p_xgiveny(y, m1, m2, s1, s2):
return (random.normalvariate(m1 + rho * s1 / s2 * (y - m2), math.sqrt(1 - rho ** 2) * s1))
N = 5000
K = 20
x_res = []
y_res = []
m1 = 10
m2 = -5
s1 = 5
s2 = 2
rho = 0.5
y = m2
for i in xrange(N):
for j in xrange(K):
x = p_xgiveny(y, m1, m2, s1, s2)
y = p_ygivenx(x, m1, m2, s1, s2)
x_res.append(x)
y_res.append(y)
num_bins = 50
plt.hist(x_res, num_bins, normed=1, facecolor='green', alpha=0.5)
plt.hist(y_res, num_bins, normed=1, facecolor='red', alpha=0.5)
plt.title('Histogram')
plt.show()