测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的,还有是怎么标记duplicate的reads的,我怀着这些问题进行了探究。
其中
其中mark为duplicate 的reads 对(duplicate 是按fragment算) 有 primer duplicate1,primer_duplicate3,pimer_changeR2Termi5base,primer_halfother(82M65S,144M(未改的read2)),pimer_change3Termi5base_change5Termi5base
不属于duplicate的有 primer_pri,pimer_duplicate2,primer_halfother(79H68M,一条),pimer_change3Termi5basechange5Termi5base_sametwo