用户1680321

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10X单细胞测序细胞分类

文章对已知的多种细胞系混合后进行单细胞10X RNA测序,研究多克隆之间的互作模式。我们这里介绍里面的单细胞测序基因表达细胞分类操作。不过文章选用的是已知固有S...

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深度神经网络conda环境下载

因为使用conda下载数据有时候因为网络问题下载非常慢,因此我把conda的环境备份好,到时可以直接使用conda的conda create -n 新环境名字 ...

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Sushi包绘制常见基因坐标图

Sushi包能绘制多种常见的基因组格式的图,包括bed, bedpe, bedgraph,Hic矩阵,也能绘制Manhattan图,基因结构图。

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Linux下指定pip install和make install安装路径

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logistic回归

Logistic回归虽然名字叫”回归” ,但却是一种分类学习方法。使用场景大概有两个:第一用来预测,第二寻找因变量的影响因素。 

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annvar下载数据库的网址

比如想下载hg19_gwava数据,那么需要下载原始txt数据和idx文件,路径如下

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R语言实现定性资料的秩和检验

定性资料比如等级,毒性,应答等,可以以具有分级的因子的形式表示,比如(+ ++, +++),分别对应因子的1,2,3种水平,这样不同组样本只要看这些数据的等级的...

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如何获得FPKM/RPKM计算需要的基因长度(考虑exon之间的overlap)

这里我们跟Cufflinks的原理一致,使用总的外显子长度,并且去除过多的重叠的外显子的部分。使用R语言,输入为基因的GTF文件

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linux和windows中文显示乱码问题

主要是因为编码方式的问题,windows中文格式一般为gbk,而linux的读入的格式为UTF-8,因此windows下的中文到Linux下为乱码,或者Linu...

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从一篇nature medicine文章的得到的可用于文献画图的19种16进制颜色码

"3B99D4", "8ED14B", "F06B49","ECC2F1", "82C7C3", "19413E","1776EB", "F5B2AC", "5...

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简单将ggplot多个图排列在一起

ClonEvol: clonal ordering and visualization in cancer sequencing文献里面CloneEvol包里...

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python通用读取vcf文件的类(可以直接复制粘贴使用)

  处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码。因此很多人会选...

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ROCR包中ROC曲线计算是取大于cutoff还是大于等于cutoff

可以看到先按从大到小排序,再累计当前位置和之前位置的阳性值。因此计算TP,TN等指标时,取的是大于等于cutoff

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R语言读入数据库的中英名词互译测试并计分脚本(考试用)

    1. 分子生物学中英文.csv,输入文件,两列,以tab键分隔的txt文本,没有列名

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grid包just参数如何just图形位置

  grid的画图函数都含有just,但是just参数的是怎么调节图形位置的总是让人非常费解,于是便写了代码来一探究竟。   思路非常简单:放一个2*2的布局...

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R语言S3类的理解与构建

R语言的类有S3类和S4类,S3类用的比较广,创建简单粗糙但是灵活,而S4类比较精细,具有跟C++一样严格的结构。这里我们主要讲S3类。

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data.table包使用应该注意的一些细节

  注意默认nThread=getDTthreads(),即使用所有能用的核心,但并不是核心用的越多越好,本人亲自测试的情况下,其实单核具有较强的性能,只有在数...

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方便快捷的求导求积分解方程在线工具sage介绍

  有时候我们需要进行一些复杂的数学计算,比如求导, 求积分,解方程,还是用abcd字母代表变量的方程等,这就需要进行复杂的数学运算还需要具备良好的数学基础。不...

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