yw的数据分析

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用户1680321

grid包just参数如何just图形位置

  grid的画图函数都含有just,但是just参数的是怎么调节图形位置的总是让人非常费解,于是便写了代码来一探究竟。   思路非常简单:放一个2*2的布局...

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用户1680321

R语言S3类的理解与构建

R语言的类有S3类和S4类,S3类用的比较广,创建简单粗糙但是灵活,而S4类比较精细,具有跟C++一样严格的结构。这里我们主要讲S3类。

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用户1680321

data.table包使用应该注意的一些细节

  注意默认nThread=getDTthreads(),即使用所有能用的核心,但并不是核心用的越多越好,本人亲自测试的情况下,其实单核具有较强的性能,只有在数...

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用户1680321

方便快捷的求导求积分解方程在线工具sage介绍

  有时候我们需要进行一些复杂的数学计算,比如求导, 求积分,解方程,还是用abcd字母代表变量的方程等,这就需要进行复杂的数学运算还需要具备良好的数学基础。不...

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用户1680321

ggplot2 aes函数map到data笔记

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用户1680321

安装使用pyclone进行克隆演化推断

pyclone介绍   可以根据多个样品突变的allele frequency 和 copy number,推断出有该突变的细胞克隆所占的比例(cellular...

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用户1680321

ONCOCNV软件思路分析之tumor处理

前期处理 perl脚本统计RC(RC(read counts)) 读入control baseline 和 sigma(最后baseline 预测的mad值) ...

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用户1680321

ONCOCNV软件思路分析之control处理

进行数据初步处理(perl) 统计amplicon的RC(read counts),并且相互overlap大于75%的amplicon合并起来 统计每个ampl...

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用户1680321

C++使用htslib库读入和写出bam文件

  有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理...

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用户1680321

bam文件softclip , hardclip ,markduplicate的探究

  测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断...

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用户1680321

cfDNA基本知识

定义 Circulating free DNA or Cell free DNA (cfDNA):循环游离DNA或者细胞游离DNA,释放到血浆中的降解的DNA片...

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用户1680321

基础肿瘤知识记录

肿瘤体细胞突变频率较高的基因 ? ? ? ? ? ? NSCLC:非细胞肺癌;PDAC:胰腺导管癌;T-ALL:T细胞急性淋巴细胞白血病 COSMIC V77...

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用户1680321

NCBI下载sra数据(新)

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载...

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用户1680321

gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot

主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclust聚类,改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据,处理成ggplot2能够直接处理的数据...

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用户1680321

安卓手机免root实现对其他软件最高管理(sandbox思想)

  root之后的安卓系统并不稳定,root后有时候会出现一些系统的错误,如果实在忍受不了的话,这时候只能恢复出厂设置了。因此不root是最优的选择,但是不ro...

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用户1680321

R语言进行机器学习方法及实例(一)

  机器学习的研究领域是发明计算机算法,把数据转变为智能行为。机器学习和数据挖掘的区别可能是机器学习侧重于执行一个已知的任务,而数据发掘是在大数据中寻找有价值的...

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用户1680321

将基因组数据分类并写出文件,python,awk,R data.table速度PK

    由于基因组数据过大,想进一步用R语言处理担心系统内存不够,因此想着将文件按染色体拆分,发现python,awk,R 语言都能够非常简单快捷的实现,那么速...

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用户1680321

centos 7 安装VCL播放器

centos 自带播放器MP4都无法播放,因此安装VCL播放器 安装epel和remi的repository sudo yum localinstall --n...

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用户1680321

linux下直接拷贝新版本R

  如果要使用新版本的R,除了直接安装,也可以直接拷贝R的文件夹。这样既可以保留原始的R版本和R包,也可以使用新版本的R和R包,R包存放在R目录下的librar...

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用户1680321

R语言通过loess去除某个变量对数据的影响

  当我们想研究不同sample的某个变量A之间的差异时,往往会因为其它一些变量B对该变量的固有影响,而影响不同sample变量A的比较,这个时候需要对samp...

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