生信宝典之傻瓜式(六)查找转录因子的靶基因

这次介绍的是如何查找某个转录因子某个细胞系中调控哪些基因。

转录因子对基因的调控最直接的方式就是从转录因子是否在对应基因启动子区或邻近有结合,这是TF ChIP-seq所要解决的问题 (当然ATAC-seq配合motif分析也可以)。

哈佛大学刘小乐教授课题组收集并从头分析了38,667个TF、Histone、Chromatin Accessibility数据并把每个样品的质量评估、比对结果、峰图数据、结合peak和靶基因等数据共享在CISTROME平台供我们使用。

这样我们在预实验和确定研究思路时不需要把数据下载下来、分析一遍,而是直接在平台搜索、点选即可获得结果。

CISTROME访问链接是http://cistrome.org/db/ (微信中不允许外链,不想拷贝输入的可以后台回复 cistrome 或 cis 或 TF获取可点击的链接)。

操作很简单,官网还提供了一个9分钟视频,练练英语也不错。

搜索感兴趣的细胞系或TF、Histone

查看某个数据集

点击某个数据集可查看其实验信息, 质量信息,在基因组浏览器查看峰图,下载peak和峰图文件,下载靶基因。

多个样品的靶基因列表下载下来,可以用高颜值在线绘图绘制Venn图,查看交并集情况。

自己处理peak文件,不要忘了可以使用bedtools (简单好上手)。

查找目标基因是否受调控

Check a putative target处输入目的基因,查看其受调控情况,还可以跳转到基因组浏览器,查看更多信息。

多个样品比较查看

如果关注不同分化水平或不同组织之间转录一直结合、组蛋白修饰水平的差别和靶基因的差别,可同时选中目标样品,一键导入UCSC基因组浏览器或WashU Browser基因组浏览器查看, 生成ChIP类文章不可缺少的reads分布峰图。

数据批量下载

也可以填写申请,批量下载关注的数据, 利用我们提供的分析流程进行进一步的分析。

原文发布于微信公众号 - 生信宝典(Bio_data)

原文发表时间:2018-04-09

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