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单细胞转录组基本概念(一)

普通转录组的思路也可以应用到单细胞转录组。普通转录组相当于把一群细胞或一个器官混合到一起去提取RNA,获得的是每个细胞中RNA表达量的平均值。单细胞是把每个细胞...

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BIC无代码绘制差异基因火山图

Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 一文解释了火山图如何解读。不太难看懂,而一旦看懂了,图也就知道怎么绘制了。

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ggplot2实现分半小提琴图绘制基因表达谱和免疫得分

最近看到很多人问下面这个图怎么绘制,看着确实不错。于是我查了一些资料,这个图叫split violin或者half violin,本质上是一种小提琴图。参考代码...

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一文读懂PCA分析 (原理、算法、解释和可视化)

NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-...

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听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析

NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-...

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推荐几个常用的通路数据库

生物通路是细胞内分子之间的一系列相互作用,导致细胞内的某种产物或改变。这种通路可以触发新的分子的组装,比如脂肪或蛋白质。通路也可以开启或关闭基因,或者刺激细胞移...

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这个保守的 RNA motif是病毒侵染的关键

科学家首次发现了脊髓灰质炎病毒和普通感冒病毒等为了能够感染细胞而打包其遗传密码的方式,发表于2021 年1月8日出版的《PLOS Pathogens》杂志。这一...

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人类长非编码RNA表达数据库,整合9种重要生物学场景(发育、癌症、病毒侵染等)

近日,由中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)表...

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蜜蜂性别调控又有新机制?

蜜蜂作为典型的群居性昆虫具有严格的劳动、繁殖分工,是研究幼虫发育和等级分化的主要模式生物。等级分化是形成蜜蜂社会性的主要原因,其主要特征是基因相同的雌蜂幼虫凭借...

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ImageGP新上几个小工具

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展示一个基本的正则用例

正则表达式是常用的序列匹配工具,在之前的文章三大开源生信基础教程和视频课程中也有介绍,最近给高颜值免费在线SCI绘图工具 的一个序列搜索功能增加封面和Demo图...

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基于Salmon的转录组定量流程

Salmon是不基于比对计数而直接对基因进行定量的工具,适用于转录组、宏基因组等的分析。

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Illumina测序什么时候会测序到接头序列?

测序引物锚定在序列模板上,正好与模板的Rd2 SP (SP: sequence primer测序引物)完全互补配对,随后开始边合成边测序,所以测序reads 5...

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哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 (九)

对于上面提到的3个问题,我们可以使用Seurat探索3种不同类型的标记识别来解答。每种都有自己的优点和缺点:

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基因组中的趣事(二)- 最长的基因2.7 million,最短的基因只有8 nt却能编码

可变剪接调控基因RBFOX1以2.7 million的长度超过之前文献报道的最长基因CNTNAP2 (智力语言损伤相关基因)。RBFOX1编码的蛋白倒不长,只有...

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单细胞文章专列——细胞图谱

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把函数包起来就是一个R包 - 完整开发指南

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在Rstudio中点一点就出来了一个R包

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他,生物系毕业,刚入职连Java都没听过,却在马云的要求下,三周写出淘宝网雏形

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可视化之为什么要使用箱线图?

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