原来你是这样的软连接

Linux系统下,软连接是我们常用来方便文件快速访问,节省空间,保证文件内容统一,简化环境变量设置的一个方式。使用起来也很简单 ln -s source target就可以搞定,但它总有调皮的时候。

文件目录结构如下所示,想把当前目录下的ehbio.fa链接到~/data目录下,按如下操作发现链接后的文件访问不了,提示符号连接的层数过多,仔细查看时原来是出现了一个自己指向自己的链接。问题出在建立软连接时源文件未使用全路径

ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls
ehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio5.fa  ehbio6.fa  ehbio.fa  second.fa
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s ehbio.fa ~/data
ct@ehbio:~/ehbio_project$ less ~/data/ehbio.fa 
/home/ct/data/ehbio.fa: 符号连接的层数过多

ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ~/data
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct   8 6月  21 15:48 ehbio.fa -> ehbio.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 2017 first.fa

正确方式是:pwd使用命令代替当前路径名,适合任何目录。

ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -sf `pwd`/ehbio.fa ~/data
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ~/data
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct  31 6月  21 16:00 ehbio.fa -> /home/ct/ehbio_project/ehbio.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 2017 first.fa

使用全路径名,尤其使用家目录 ~ 符号时,只限操作用户自身有效。另外不同用户之间建立软连接,需要考虑访问权限问题,任意一层目录都需要可读权限 (目录的可读为rx都有)。

关于软件安装和环境变量,我们之前有过介绍。当然最全的文档可以后台回复生信宝典福利第一波获取。这些内容中提到,如果觉得环境变量设置太繁琐了,那么建立一个目录比如~/bin,只需把这个目录放入环境变量 export PATH=~/bin:$PATH,以后新安装的软件,都把可执行程序软链到~/bin目录下,直接可用。

前几天这个使用方式竟然也出了个诡异的问题,比如运行bwa时,出现符号连接的层数过多,但是使用全路径运行无问题,说明不是bwa链接出错了。问题就应该是出在环境变量所包括的目录中了,确实是有个目录是软连接失效

原文发布于微信公众号 - 生信宝典(Bio_data)

原文发表时间:2018-06-21

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏Bug生活2048

Linux下MongoDB实现远程自动备份

既然都备份了,为了保险起见,备份与库就不放在同一台服务器上了,于是向运维申请了一台服务器,同时安装好mongo,如果不知道怎么安装mongo的话可以看我的上一篇...

892
来自专栏云计算教程系列

如何在CentOS 7上安装和配置mod_deflate

Mod_deflate是一个Apache模块,它允许在发送到客户端之前压缩Web服务器的输出。一旦您的网站内容的大小被压缩,其大小就会变小,客户端可以更快地下载...

780
来自专栏Java架构沉思录

DNS是如何运行的

DNS 是互联网核心协议之一。不管是上网浏览,还是编程开发,都需要了解一点它的知识。

981
来自专栏流柯技术学院

关于linux下DB2创建数据库报错问题

公司业务需要,把服务搭在中标下,在中标下装了DB2 Express-C v9.7.1,之前用着没有问题,隔了一段时间没用,最近又需要用到它,出了一些菜鸟问题,记...

691
来自专栏阮一峰的网络日志

DNS 原理入门

DNS 是互联网核心协议之一。不管是上网浏览,还是编程开发,都需要了解一点它的知识。 本文详细介绍DNS的原理,以及如何运用工具软件观察它的运作。我的目标是,读...

4928
来自专栏猛牛哥的博客

centos安装aria2

5103
来自专栏Brian

Docker 学习系列二之基本管理

---- 概述 之前对docker的基本的工作原理进行了简单的介绍和学习Docker工作原理 今天开始不断的学习Docker的容器、镜像和仓库管理。 Docke...

3334
来自专栏梦魇小栈

adb(Android Debug Bridge,Android调试桥)常用命令

说到 ADB 大家应该都不陌生,即 Android Debug Bridge,Android 调试桥,身为 Android 开发的我们,熟练使用 ADB 命令将...

652
来自专栏张戈的专栏

升级Nginx1.9.5以上版本,开启博客网站http2.0时代

最近给张戈博客全站开启了 https,所以对这块关注比较多。昨天脑补的时候发现 http2.0 只支持 SSL 加密的网站,即 https。于是心血来潮,给张戈...

43810
来自专栏云计算教程系列

如何在CentOS 7上安装Python 3并设置本地编程环境

Python是一种多功能编程语言,可用于许多不同的编程项目。1991年首次出版,其名称灵感来自英国喜剧组织Monty Python,开发团队希望使Python成...

1476

扫码关注云+社区