生信工程师入门最佳指南

先搞清楚生信工程师都在干嘛：

• 售前售后技术支持-偏生物医学背景知识
• 应用项目研发-偏编程和流程
• 科研热点追踪或者前沿探索-懒得评价这个

这三类生信工程师养成的侧重点不一样，我这里仅仅是列出一下共性！

友情提示，成为一个生信工程师并不是一件容易的事情，我在这条路上面走了五年了。

如果是想通过培训掌握生物信息学，那么可以参考：彻底入门生物信息学，可能需要12天！ 推文介绍的。

必学linux

在生信技能树公众号后台回复马哥，可以下载全套马哥linux视频，先看外面的导读了解linux的用法。

然后抽时间把马哥linux视频看完，这样就了解了linux的命令的原理。如果你每天抽两个小时，应该需要一个星期来掌握。关于生物信息学自学环境的搭建，我们生信技能树也精心制作了视频教程，课程介绍在：https://mp.weixin.qq.com/s/ZhE1gGB5IgdJoCits-Y_mg 购买链接见；https://ke.qq.com/course/310838?tuin=4926c730

需要掌握完成下面的linux考试：http://www.bio-info-trainee.com/2900.html

linux都不想花时间掌握，就别妄想成为生信工程师了，没有意义

重点：

(去可视化概念+练习) 了解 命令+参数+文件 的模式

基础知识:cd -, cd ..  , cd -, history, !5 ,  /home/ , /tmp/ , >,&，jobs,nohup 1,2,0
文件目录操作：ls,cd,pwd,mkdir,rm,mv,cp,touch,head,tail,less,more
系统管理： df,du,top,free,ps,ipconfig,netstat,ssh,scp,
用户权限：chown,chgrp,groups,ls

文本操作：awk,grep,sed,paste,cat,diff,wc,vi 

可以选择使用腾讯云实验室的linux服务器：https://cloud.tencent.com/developer/labs/lab/10000 或者干脆购买一个最低配版本云服务器，应该是十块钱一个月。

参考 生物信息学常见1000个软件的安装代码！ 来安装软件，至少安装100+软件，力图掌握其中的规律。

如果学完了，理论上你看下面的总结应该是有茅塞顿开的感觉。

linux命令行文本操作一文就够

linux系统环境变量一文就够

构建shell脚本一文就够

必须熟练掌握R语言

时刻牢记学习R语言是为了分析生物信息学数据，不要跑偏了。

• 约翰•霍普金斯大学的Bioconductor学习课程
• 斯坦福大学的暑期小课程-用bioconductor做统计分析
• a Little Book of R for Bioinformatics!
• 生物学家应该这样学R绘图-视频，数据，代码全公开

比如掌握R语言后，可以在GEO数据库的海洋里遨游,那么你应该是可以看懂下面的教程:

• 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够
• 解读SRA数据库规律一文就够
• 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够
• GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）
• 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的
• 差异分析得到的结果注释一文就够

当然，如果你耗费了四五个小时都没办法搞懂我的GitHub代码啥意思，或者无法重复，说明你急需视频指导哦，先看完视频讲解，学习后就可以完成这个项目流程啦，还等什么呢？购买链接: https://mp.weixin.qq.com/s/WrEpxq9okMPaZAm852bG0g

而我我放在GitHub的代码大全你也应该是很容易看懂：https://github.com/jmzeng1314/GEO

还有需要完成 生信人的20个R语言习题 ：http://www.bio-info-trainee.com/3415.html

其它编程了解一下即可

perl和python大家都会首推python的，初学者也这样学吧， 掌握的标准是 做完 生信编程200题：

听说你需要编程练习题？

接着是组学实战：

450K甲基化芯片数据处理传送门

ChIP-seq基础入门传送门

转录组入门传送门

几个转录组流程

• https://f1000research.com/articles/4-1070/v1
• https://f1000research.com/articles/5-1438/v1
• https://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/

其实是需要一定时间来掌握，但是转录组已经是目前NGS组学里面最完善，最简单的流程了，从它开始容易完成，获得信息。

还有我在生信菜鸟团博客发布的实战

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定！

一个植物转录组项目的实战

建议从植物转录组开始，了解：

• 生信技能树»生信技能树›生信基础›测序原理-数据格式-数据库 这样你才知道你处理的转录组测序数据是如何来的，是什么。了解数据处理应该是用到的参考基因组，注释是什么。
• 软件需要安装好
• 流程要看懂，这样才能一步步运行各种软件，转换各种数据

工程师进阶

这个就五花八门了，比如肿瘤外显子，单细胞转录组等等，就不一一罗列，希望看到此推文的小朋友先入门哈。

生信技能树有的是教程等着你学习。