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生信工程师入门最佳指南

先搞清楚生信工程师都在干嘛:

  • 售前售后技术支持-偏生物医学背景知识
  • 应用项目研发-偏编程和流程
  • 科研热点追踪或者前沿探索-懒得评价这个

这三类生信工程师养成的侧重点不一样,我这里仅仅是列出一下共性!

友情提示,成为一个生信工程师并不是一件容易的事情,我在这条路上面走了五年了。

如果是想通过培训掌握生物信息学,那么可以参考:彻底入门生物信息学,可能需要12天! 推文介绍的。

必学linux

在生信技能树公众号后台回复马哥,可以下载全套马哥linux视频,先看外面的导读了解linux的用法。

然后抽时间把马哥linux视频看完,这样就了解了linux的命令的原理。如果你每天抽两个小时,应该需要一个星期来掌握。关于生物信息学自学环境的搭建,我们生信技能树也精心制作了视频教程,课程介绍在:https://mp.weixin.qq.com/s/ZhE1gGB5IgdJoCits-Y_mg 购买链接见;https://ke.qq.com/course/310838?tuin=4926c730

需要掌握完成下面的linux考试:http://www.bio-info-trainee.com/2900.html

linux都不想花时间掌握,就别妄想成为生信工程师了,没有意义

重点:

(去可视化概念+练习) 了解 命令+参数+文件 的模式

基础知识:cd -, cd ..  , cd -, history, !5 ,  /home/ , /tmp/ , >,&,jobs,nohup 1,2,0
文件目录操作:ls,cd,pwd,mkdir,rm,mv,cp,touch,head,tail,less,more
系统管理: df,du,top,free,ps,ipconfig,netstat,ssh,scp,
用户权限:chown,chgrp,groups,ls
文本操作:awk,grep,sed,paste,cat,diff,wc,vi 

可以选择使用腾讯云实验室的linux服务器:https://cloud.tencent.com/developer/labs/lab/10000 或者干脆购买一个最低配版本云服务器,应该是十块钱一个月。

参考 生物信息学常见1000个软件的安装代码! 来安装软件,至少安装100+软件,力图掌握其中的规律。

如果学完了,理论上你看下面的总结应该是有茅塞顿开的感觉。

linux命令行文本操作一文就够

linux系统环境变量一文就够

构建shell脚本一文就够

必须熟练掌握R语言

时刻牢记学习R语言是为了分析生物信息学数据,不要跑偏了。

比如掌握R语言后,可以在GEO数据库的海洋里遨游,那么你应该是可以看懂下面的教程:

当然,如果你耗费了四五个小时都没办法搞懂我的GitHub代码啥意思,或者无法重复,说明你急需视频指导哦,先看完视频讲解,学习后就可以完成这个项目流程啦,还等什么呢?购买链接: https://mp.weixin.qq.com/s/WrEpxq9okMPaZAm852bG0g

而我我放在GitHub的代码大全你也应该是很容易看懂:https://github.com/jmzeng1314/GEO

还有需要完成 生信人的20个R语言习题 :http://www.bio-info-trainee.com/3415.html

其它编程了解一下即可

perl和python大家都会首推python的,初学者也这样学吧, 掌握的标准是 做完 生信编程200题:

听说你需要编程练习题?

接着是组学实战:

450K甲基化芯片数据处理传送门

ChIP-seq基础入门传送门

转录组入门传送门

几个转录组流程

  • https://f1000research.com/articles/4-1070/v1
  • https://f1000research.com/articles/5-1438/v1
  • https://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/

其实是需要一定时间来掌握,但是转录组已经是目前NGS组学里面最完善,最简单的流程了,从它开始容易完成,获得信息。

还有我在生信菜鸟团博客发布的实战

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个植物转录组项目的实战

建议从植物转录组开始,了解:

  • 生信技能树»生信技能树生信基础测序原理-数据格式-数据库 这样你才知道你处理的转录组测序数据是如何来的,是什么。了解数据处理应该是用到的参考基因组,注释是什么。
  • 软件需要安装好
  • 流程要看懂,这样才能一步步运行各种软件,转换各种数据

工程师进阶

这个就五花八门了,比如肿瘤外显子,单细胞转录组等等,就不一一罗列,希望看到此推文的小朋友先入门哈。

生信技能树有的是教程等着你学习。

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-07-10

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