生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得 - 限时免费

海哥,中国科学院遗传与发育生物学研究所,生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。

生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达

生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索

生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络

生信宝典之傻瓜式 (六) 查找转录因子的靶基因

这次海哥回北京,结合自己发表过的文章和其它经典文章以及自己多年做研究的经历,从中心法则出发,为大家从不同层面介绍组学分析的手段,并解释了不同方法都能解决什么具体的生物学问题。

本视频内容全面,简单易懂,很适合想知道组学能做什么和生物数据分析没有思路的朋友,能为你在学习、科研项目以及分析实战的过程中提供很多的指导。

这次视频最开始是在4天你也可以自己处理二代三代转录组测序数据最后一天的答疑课上给出的,很受好评,现分享与此。点击阅读原文即可限时免费观看。

(海哥讲述诙谐,这次录制是其第二次讲。有点遗憾的是,海哥自认为没有第一次讲的好,如果有缘,希望能在易生信极高性价比暑期黑马集训 -- 低至2500每人的暑期课上再讲一次。)

下面是笔者自己观看完视频后的理解,苍白的文字代表不了视频,有狗尾续貂之嫌,还请见谅。

内容概览

形象地用盲人摸象阐述组学分析的优势

利用大数据关联鸟和花的分布与云图的关系,便于精准救治。

大数据告诉你为什么科比是NBA最伟大的球员之一?如何防守库里?

用传统实验得到的小数据去解释生物学问题,就如同盲人摸象般,尽管可以比较精确地描述某一问题,但是由于找不到全局的联系而无法全面地做出解释。随着新一代测序技术的发展,生物大数据分析越来越受到生物学家们的青睐,我们可以从各组学层面来了解某一生物样本在某个状态下的全貌。

1. DNA level

DNA level包括序列突变、插入、删除、易位等,会影响到基因编码、转录因子motif结合,并举了“画蛇也可添足”的例子阐述蛇中增强子区域序列突变影响到ETS1结合,进而足发育退化的故事。

之前的推文从Richard Young教授的系列研究看超级增强子发现背后的故事 (附超级增强子鉴定代码)也介绍了一点增强子的知识和大牛的分析思路,可作为饭后阅读小故事。

2. Transcriptional regulatory level

基因表达调控受转录因子结合、组蛋白修饰、DNA甲基化等的影响,分析这些调控最常用的是ChIP-seq (详细分析流程,调整下也可适用于ATAC-seq),ATAC-seq和亚硫酸盐测序等。这在之前的培训中也有部分提及,可在腾讯课堂看对应视频https://bioinfo.ke.qq.com。

第二张图是常见的基因组浏览器的展示,可以查看某个区域多个维度的信息,具体使用见高通量数据分析必备|基因组浏览器使用介绍 - 3系列文章。

3. RNA level

RNA水平主要指RNA表达量变化、可变剪接形式变化、RNA修饰、编辑、非编码RNA调控等,这些部分的实战会在我们的易生信极高性价比暑期黑马集训中讲到。也可查看转录组分析的正确姿势转录组分析工具哪家强?120分的转录组试题(第三份答案)等。

RNA m6A是研究的比较火的修饰,我们也在王秀杰研究组合作发现m6A修饰在小脑发育中的新功能 (附2018上半年m6A研究文章和点评)中做过一点总结。

4. Translational level

翻译水平是从Ribosome结合的角度查看潜在的蛋白表达量。

5. Protein and metabolite level

蛋白质组水平和代谢组水平,配合之前蛋白质组学研究概述一起观看。

感谢海哥的分享!在此将本视频推荐给大家,点击阅读原文即可限时免费观看。若您觉得不错,请转给更多需要的人。

原文发布于微信公众号 - 生信宝典(Bio_data)

原文发表时间:2018-07-18

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏机器之心

在癌症治疗这件事上,要不要相信人工智能?

机器之心原创 作者:虞喵喵 随深度学习技术的应用与成熟,人工智能也在不断拓展疆界。跨越传统的语音、图像、数据挖掘等强相关领域,人工智能正不断与物流、教育、金融等...

373100
来自专栏思影科技

面向工作记忆过程的双向额顶振荡系统

最近,来自加利福利亚大学Helen Wills神经科学研究所的学者通过研究表明在工作记忆过程中,前额叶皮质区与大脑后皮质区之间具有一套完整的平行双向神经振荡系统...

29850
来自专栏生信技能树

CRISPR相关公司的股价大跌背后的故事

被称为基因魔剪的CRISPR-Cas9(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)技...

19910
来自专栏生信宝典

2018国内基因编辑技术走势

3月30~31日,由北京大学天然药物及仿生药物国家重点实验室主办的2018基因编辑学术研讨会将在京举行。届时众多一线科研工作者将聚集于此共襄学术盛宴。 201...

59040
来自专栏企鹅号快讯

AI+基因测序,谷歌不久前免费开放最尖端的深度学习技术让编辑基因?

2017年12月4号谷歌大脑开源了将两大风口尖端科技融合的DeepVariant平台,这代表什么意义? 首先我们回顾下什么是DeepVariant技术? ? 新...

43150
来自专栏生信技能树

WGCNA分析+公共数据库挖掘你感兴趣的癌症

原文链接: Application of weighted gene co-expression network analysis to identify ke...

39230
来自专栏大数据文摘

新型算法可确定基因组突变位点

21180
来自专栏生信技能树

2019年2月份第1周文献分享(总第53周)胃癌的类器官研究(附视频)

而且通过形态学,WES和RNA-seq数据说明了其研究团队构建的类器官可以比较好的模拟其对应的肿瘤,包括 regional heterogeneity and ...

21140
来自专栏生信技能树

【直播】我的基因组57:最简陋的祖源分析

这……可能是最简陋的祖源分析了吧,没有之一。 ? 前面我们学习了千人基因组的人群分布情况,也简单的看了看我自己的基因型在那2504个人的距离情况,但是只能定位到...

68890
来自专栏思影科技

揭示受伤大脑隐藏认知的EEG信号特征

来自美国哈佛医学院的William H. Curley试图探索能够作为意识障碍患者认知能力指标的EEG信号特征,并检验将来用于重建沟通的可靠性。该研究发表在《B...

31580

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券