UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)

TCGA有自己的一批工具,ICGC也有自己的网站,但好的资源都是要整合起来,整合越多越好(虽然事实不一定如此,但有这个想法的人不少),用着才更方便。这就靠今天介绍的UCSC XENA来实现了。

首先说下UCSC,对于生物、医学的研究者来说,并不陌生,无论是这个学校还是这个网站。

然后就是隆重出场的UCSC Xena了。

UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。

  1. 热图的方式可以进行单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的关联展示。
  2. 对任何展示的变量(不同表型病人的比较,不同基因表达的比较,突变有无的比较,甲基化水平的变化)都可以进行生存分析,绘制KM-plot,计算其对病人生存率的影响。
  3. 热图可以根据任一变量排序,然后查看其它变量的变化。如根据药物处理状态排序,查看基因的表达或修饰的变化。

另外 Xena 提供了ICGC Data PortalChrome扩展,可以在ICGC的界面加入XENA的Heatmap展示,不过没有测试成功。

这次测试Xena插件时,去ICGC的官网又看了下,网站又更新了。好在变化不是特别大,之前ICGC数据库的使用TCGA数据库在线使用都还可以用。

数据库的使用主要靠自己去多操作,仔细读,多看文档,不要想着一下就可以找到想要的内容,尤其是刚接触时,就当看小说,多浏览几页,就知道都有什么了。在熟悉了几个基本操作,几种常见的数据类型和展示方式之后,数据库再怎么改版也一样操作了。

XENA提供的这个视频对熟悉XENA的使用提供了很多帮助,剩下的就看你要解决什么问题了。

原文发布于微信公众号 - 生信宝典(Bio_data)

原文发表时间:2018-09-07

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏嵌入式程序猿

嵌入式系统开发过程中的常见问题和解决方法

1. Bootloader如何写入Flash ? 初学者一般都会遇到如何将程序写入处理器的问题。对于不同的处理器,可以采用不同的方法。例如Intel的Xscal...

36170
来自专栏Python专栏

继万字谏言后,Python Web 怎么学,看这篇就够了!

之前那篇「万字谏言,给那些想学Python的人,建议收藏后细看!」得到很多后台读者的留言,表示想再来点,甚至说万字系?你知道万字有多少么?不要杠我根本没有万字!...

13610
来自专栏大数据

看看那些不在gnomAD数据库出现的常见人群变异位点是什么

前面我们说到了对3784343个的SNP位点来说,3353921个因为人群频率大于了0.05会被过滤掉,还剩下430304值得我好好研究一下。 那么,现在就开始...

264100
来自专栏向治洪

android的<uses-feature>详解

如果你是一个Android用户,而且你有一个老旧的安装有android 1.5 的android设备,你可能会注意到一些高版本的应用没有在手机上的Android...

207100
来自专栏腾讯Bugly的专栏

【团队分享】苍翼之刃:论File Descriptor泄漏如何导致Crash?

这一期的团队分享,我们特邀苍翼之刃的开发负责人Jay,为大家分享在Android项目中遇到的一些Crash。 苍翼之刃 外文:BlazBlue Revolut...

58470
来自专栏腾讯大讲堂的专栏

昨夜,你可是朋友圈人生赢家?

听说昨晚,全人类都在微信朋友圈做同一件事——找广告,由此引发了如下惨绝(dou)人寰(bi)的一幕幕: ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文章转载...

222100
来自专栏FreeBuf

谷歌网络服务宕机,中国电信背锅

上周日,谷歌旗下的云服务、YouTube等网络服务在全球范围内均发生了数小时的宕机,外媒称因遭到来自中国电信IP的BGP劫持导致故障发生。虽然这次事件为中国电信...

14120
来自专栏程序人生

上帝说:要有一门面向未来的语言,于是有了 erlang

今个谈谈 erlang。 这些文章流于表面,更多是简单的介绍。这篇文章不同,因为 erlang 并不是一门新语言,简单介绍它的人不算少,我希望这篇文章能在深度上...

414110
来自专栏轮子工厂

Linux系统的前世今生

上世纪六十年代,人们还在用批处理计算机,也就是一次性给一批任务到计算机,然后等待结果,中途不能和计算机进行交互,而且准备作业需要耗费大量时间。于是1965年,贝...

11620
来自专栏ThoughtWorks

ArchUnit,架构守护神 | 雷达哔哔哔

ArchUnit是一个基于 Java 的测试库,用于检查代码的结构特性,如包和类的依赖关系、注解验证,甚至还能检查代码分层是否一致。我们很喜欢 ArchUnit...

33920

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券