Blast2go本地化教程网上也有不少,但是都是13年之前的,由于最近有这个需求,我也重新收集了下资料,然后整理了下:
主要参考:
http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation/ http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb 各种baidu+google
通常我们上游分析得到的蛋白序列需要和主流的数据库进行比对,完成功能注释。常用数据库一共有以几种:
Nr:NCBI官方非冗余蛋白数据库,包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DNA序列,就是nt库
Pfam: 蛋白结构域注释的分类系统
Swiss-Prot: 高质量的蛋白数据库,蛋白序列得到实验的验证
KEGG: 代谢通路注释数据库.
GO: 基因本体论注释数据库
这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。
新建一个目录blast2go(名字随意),解压上述文件,并将所有文件都放到blast2go目录下,然后cd到blast2go目录下,进行后续操作,文件总共有这几个:
b2gdb.sql
b2gdb.sql~
gene2accession
gene_info
go_monthly-assocdb-data
idmapping.tb
mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar
理论上,上述的步骤都没报错的话,下面的测试肯定没问题的
注意:
不知道有没有想过,做成一个R包呢?