在ubuntu使用apt install的fastqc是有bug的

为了方便十几个新手使用云服务器,我取巧的root权限安装了一堆生物信息学软件,代码如下:

sudo apt install -y fastqc
sudo apt install -y samtools
sudo apt install -y bcftools
sudo apt install -y bwa
sudo apt install -y ncbi-blast+
sudo apt install -y sra-toolkit
sudo apt-get install r-base-core # 最新版

没想到第一个软件就翻车了,尴尬至极!

报错如下:

Approx 95% complete for output.fastq
Analysis complete for output.fastq
Failed to process file output.fastq
java.lang.IllegalArgumentException: No key called gc_sequence:ignore in the config data
    at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.ModuleConfig.getParam(ModuleConfig.java:148)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerSequenceGCContent.ignoreInReport(PerSequenceGCContent.java:57)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:331)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:84)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

看的我是一脸懵逼,不过很容易就谷歌搜索到原因了

高手在biostar上面给出解释:

This seems to be a bug when installing fastqc using apt-get install fastqc on some versions of Ubuntu.

所以我就去了我的生物信息学常见1000个软件的安装代码:https://www.jianshu.com/p/ae28e8e3e9f5 找到了fastqc软件下载安装方法:

## Download and install fastqc
cd ~/biosoft
mkdir fastqc &&  cd fastqc
wget http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip

这样就可以使用全路径调用啦。

但是,还遗留了一个问题,我以管理员身份安装这个软件遗留在整个服务器的环境变量里面,需要清除掉,同样是搜索了解咯。

Ubuntu apt-get彻底卸载软件包

查看教程,得到:

# 删除软件及其配置文件
apt-get --purge remove <package>
# 删除没用的依赖包
apt-get autoremove <package> 

但是我们只需要运行 sudo apt-get --purge remove fastqc

不需要运行 sudo apt-get autoremove fastqc ,避免删除了java软件。

这样就清除了系统的fastqc软件。

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

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原始发表时间:2018-10-28

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