在ubuntu使用apt install的fastqc是有bug的
在ubuntu使用apt install的fastqc是有bug的
生信技能树
发布于 2018-12-05 10:54:02
发布于 2018-12-05 10:54:02
为了方便十几个新手使用云服务器，我取巧的root权限安装了一堆生物信息学软件，代码如下：
sudo apt install -y fastqc
sudo apt install -y samtools
sudo apt install -y bcftools
sudo apt install -y bwa
sudo apt install -y ncbi-blast+
sudo apt install -y sra-toolkit
sudo apt-get install r-base-core # 最新版没想到第一个软件就翻车了，尴尬至极！
报错如下：
Approx 95% complete for output.fastq
Analysis complete for output.fastq
Failed to process file output.fastq
java.lang.IllegalArgumentException: No key called gc_sequence:ignore in the config data
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.ModuleConfig.getParam(ModuleConfig.java:148)
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerSequenceGCContent.ignoreInReport(PerSequenceGCContent.java:57)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:331)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:84)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)看的我是一脸懵逼，不过很容易就谷歌搜索到原因了
高手在biostar上面给出解释：
This seems to be a bug when installing fastqc using apt-get install fastqc on some versions of Ubuntu.所以我就去了我的生物信息学常见1000个软件的安装代码：https://www.jianshu.com/p/ae28e8e3e9f5 找到了fastqc软件下载安装方法：
## Download and install fastqc
cd ~/biosoft
mkdir fastqc && cd fastqc
wget http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip这样就可以使用全路径调用啦。
但是，还遗留了一个问题，我以管理员身份安装这个软件遗留在整个服务器的环境变量里面，需要清除掉，同样是搜索了解咯。
Ubuntu apt-get彻底卸载软件包
查看教程，得到：
# 删除软件及其配置文件
apt-get --purge remove <package>
# 删除没用的依赖包
apt-get autoremove <package> 但是我们只需要运行 sudo apt-get --purge remove fastqc
不需要运行 sudo apt-get autoremove fastqc ，避免删除了java软件。
这样就清除了系统的fastqc软件。
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原始发表：2018-10-28，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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