专栏首页生信小驿站R语言之可视化⑤R图形系统目录

R语言之可视化⑤R图形系统目录

R base graphs

R带有简单的函数来创建许多类型的图形。 例如:

在大多数情况下,您可以使用以下参数来自定义绘图:

pch:改变点形状。 允许值包括1到25之间的数字。 cex:改变点大小。 示例:cex = 0.8。 col:改变点颜色。 示例:col =“blue”。 frame:逻辑值。 frame = FALSE删除绘图面板边框。 main,xlab,ylab。 分别指定主标题和x / y轴标签 las:对于垂直x轴文本,使用las = 2。

在下面的R代码中,我们将使用iris数据集来创建: 首先我们绘制一个以iris

Sepal.Width的散点图

# (1) Create a scatter lot
plot(
  x = iris$Sepal.Length, y = iris$Sepal.Width,
  pch = 19, cex = 0.8, frame = FALSE,
  xlab = "Sepal Length",ylab = "Sepal Width"
)

image.png

其次,我们绘制了一个盒须图

# (2) Create a box plot
boxplot(Sepal.Length ~ Species, data = iris,
        ylab = "Sepal.Length", 
        frame = FALSE, col = "lightgray")

Lattice graphics

提供了一个绘图系统,旨在改进R基本图形。 安装软件包后,使用R命令install.packages(“lattice”)。格子包中的主要功能:

创建y乘以x的基本散点图。 语法:y~x。 按组更改颜色并使用auto.key = TRUE显示图例:

library("lattice")
xyplot(
  Sepal.Length ~ Petal.Length, group = Species, 
  data = iris, auto.key = TRUE, pch = 19, cex = 0.5
)

根据分组绘制多个面板图:y ~ x | group.

xyplot(
  Sepal.Length ~ Petal.Length | Species, 
  layout = c(3, 1),               # panel with ncol = 3 and nrow = 1
  group = Species, data = iris,
  type = c("p", "smooth"),        # Show points and smoothed line
  scales = "free"                 # Make panels axis scales independent
)

ggplot2图形 GGPlot2是一个功能强大且灵活的R软件包,由Hadley Wickham实现,用于逐件生成优雅的图形。 ggplot2中的gg表示图形语法,这是一个图形概念,通过使用“语法”来描述图。根据ggplot2概念,绘图可以分为不同的基本部分:Plot = data + Aesthetics + Geometry

data:数据框 Aesthetics :用于表示x和y变量。它还可以用来控制点的颜色,大小和形状等...... geometry:对应于图形类型(直方图,箱形图,线图,......)

对于初学者来说,ggplot2语法可能看起来不透明,但是一旦理解了基础知识,就可以创建和自定义任何类型的图表。

ggplot2包中的主要功能是ggplot(),它可用于使用数据和x / y变量初始化绘图系统。

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