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循环绘图和多分组多基因(变量)差异展示

经常遇到‘一个循环绘制每一个差异基因在肿瘤和正常的表达差异’和‘需要在一张图中展示多个差异基因在肿瘤和正常组的表达分布’需求。如下列两张图所示:

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MCP-count包计算肿瘤微环境中各类细胞丰度

微环境细胞种群计数器(MCP-count)方法,该方法允许从转录组数据对组织中八种免疫细胞和两种基质细胞种群的绝对丰度进行量化。离体免疫组织化学数据支持该方法的...

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利宾斯基规则筛选小分子

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R语言之箱型图修改中位数为平均数

但是有时,我需要将箱子中默认的中位数那条线,改为平均值。下面代码数据来源于上一篇博客:配对样本检验及绘图 - 简书 https://www.jianshu.c...

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配对样本检验及绘图

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绘制韦恩图及计算P值

这里的a为A数据集的基因数,b为B数据集的基因数,inter为两者交集的基因数。 计算韦恩图P值的代码为

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适合用于FPKM数据求差异基因的ballgown算法

对于FPKM表达数据时,Edger,limma,和deseq等算法并不合适。而ballgown是针对于FPKM数据开发的差异基因算法,可以尝试。 示例数据如下...

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文献复现之一篇铁死亡生信文章(1)

Genomic analysis uncovers prognostic and immunogenic characteristics of ferropto...

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多分组差异分析解决方案(2)分批次差异基因后取交集

主要方法:如果不同分组代表着一定的趋势,例如group1,group2,group3的样本严重程度越来越重。那么就可以求group1和group2的差异基因,g...

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多分组差异分析解决方案(1)循环T检验

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药物和靶点相关数据库

这是一个公共收录实验测定的蛋白质-配体的结合亲 和力的数据库。 (1)实验测定的结合亲和力; (2)侧重测定候选药物靶点蛋白与小分子或 类药分子等配体的相互作...

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pan-cancer泛癌单基因分析问题之合并TCGA和GTEx

(1)第一个部分是纯代码分析某个基因在TCGA33类肿瘤中的差异分析。 (2)结合TCGA和GTEx数据库,这样做的好处是:因为TCGA中肿瘤样本和正常样本是...

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pip安装时报错Consider using the `--user` option or check the permissions.

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Dash学习记录1

Dash是用于构建Web分析应用程序的高效Python框架。Dash是写在Flask,Plotly.js和React.js之上,是使用纯Python的高度自定义...

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Rdkit根据分子性质(描述符)筛选小分子

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预测RNA三级结构

http://rnacomposer.cs.put.poznan.pl/ 输入RNA序列和二级结构,邮箱地址,点击compose即可。

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结构分析(4)化合物分子相似性

相似性原理(similar property principle)指出,总体相似的分子应具有相似的生物活性。

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R语言之可视化(34)Grouped, stacked and percent stacked barplot

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RNA结构分析(2)通过核苷酸序列预测二级结构

1.输入核苷酸序列 2.点击运行 RNAfold web server http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWe...

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R语言之分子指纹(1)计算分子指纹及批量保存sdf格式

用DS2019读取这些sdf文件后,全部visible,然后保存为sdf格式,即可将所有小分子保存到一个sdf文件中。

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