序列比对与序列特征分析

序列比对包括序列之间的比较分析和序列组成和特征分析。

0️⃣ 序列比对的概念

1️⃣ 序列获取：

• 序列获取(1):DNA
• 序列获取(2):RNA
• 序列获取(3):蛋白质

2️⃣ 双序列比对

双序列比对算法

3️⃣ 多序列比对

1 多序列比对简介

2 多序列比对方法

3 常用工具和数据库

4️⃣ 核酸序列特征分析

1 基因开放阅读框的识别

2 内含子/外显子剪切位点的识别

3 序列motif的查找和可视化工具

4 密码子使用模式的分析

5 限制性内切酶位点分析

6 重复序列的查找

5️⃣ 蛋白质序列特征分析

1 蛋白质的理化性质分析

2蛋白质的跨膜结构分析

3蛋白质信号肽的预测和识别

4蛋白质的卷曲螺旋预测

5糖基化位点的预测与识别

6磷酸化位点的预测与识别

6️⃣ 应用实例

1Spidey工具识别mRNA/cDNA的外显子组成

2Spidey工具进行可变剪切的分析

主要源自李霞老师主编《生物信息学理论与医学实践》，同时综合其他内容。