癌症免疫治疗领域的最新进展已确定CD8+ T细胞对肿瘤特异性突变的反应是肿瘤消退和总生存的关键驱动因素。ADXS-NEO是一种基于李斯特菌（Lm）的个性化免疫疗...

临床精准肿瘤学越来越依赖于使用大panel下一代测序的准确全基因组分析;然而，准确和一致地检测来自单个平台和管道的体细胞突变的困难仍然是一个悬而未决的问题。为了...

由于RNA依赖性RNA聚合酶产生的错误，SARS-CoV-2的基因组在病毒复制过程中容易受到突变的影响。这些突变使SARS-CoV-2能够进化成新的毒株。病毒准...

2019年冠状病毒病（COVID-19）的爆发是全球卫生紧急情况。已经报告了 COVID-19 的各种组学结果，但 COVID-19 的分子特征，特别是在没有合...

本次实战的是Hosts Manipulate Lifestyle Switch and Pathogenicity Heterogeneity of Oppor...

https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/172

过了很久之后才想起来继续整理单细胞测序的标准分析流程。书接上回单细胞测序—标准流程代码(2) — 标记基因与细胞注释，这篇帖子主要关注的是富集分析。

Brooks教授来自美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（University of California，Santa Cruz， UCSC）巴斯金工程学院（Bask...

最近在学习复现Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma prog...

自基因组测序出现以来，基因组选择和全基因组关联等基因组应用变得越来越普遍。测序的成本在过去二十年中有所下降;然而，基因分型成本仍然无法为这些基因组应用收集大型数...

最近在复现Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma progre...

S4类是R语言中一种更为严格和复杂的面向对象编程方式。与更简单的S3类相比，S4类提供了更高的灵活性和严格性，适用于需要明确结构的复杂数据和应用场景。

拟时序分析（Pseudotime Analysis）在单细胞测序（Single-cell RNA-seq）中是一个重要的分析步骤，主要用于研究细胞在发育过程或其...

板栗（Castanea mollissima）是一种种子坚硬的物种，是坚果和森林生态系统的重要组成。坚硬种子在自然生境中的发芽率较低，在干燥和低温条件下下降。栽...

读写过程中需要将一个GSE数据集中多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象

进行数据集GSE105789上游分析的时候，总共才四个数据集，使用prefetch下载的时候，不知道网络抽了什么风，速度一直都很慢。下了10个小时才下了三分之一...

现在的单细胞测序很少是单个样本测序了，一般是多个样本。这里用ifnb.SeuratData包中的ifnb示例数据来模拟单细胞测序多样本分析流程。

如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析，可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。

刚开始做单细胞测序的下游分析时，常用的是官方文档提供的pbmc3K数据集，但是我对注释出来的细胞类型缺乏相应的背景知识，对单细胞测序背后的生物学意义也很模糊，这...