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Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢

本来以为给参加 生信技能树(爆款入门培训课) 的学员们安排,指导做完了 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 准备工作,上课就问题不大。 实际情况是,每次都会发现一些很有意思的小问题,主要是计算机相关设置问题。

首先是R包下载很慢的问题

这个需要批评了,我在周末班准备工作里面写的很清楚,切换镜像,如下,可以下载任何包

rm(list = ls()) 
options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)

如果压根就下载不了,可能是网络的问题,或者是下载设置的问题,包括http和https的区别,下载协议的区别。

然后强调一下,新手请务必经常通过下面这样点击rproj文件方式来打开自己的电脑的Rstudio。

打开R脚本的中文乱码问题

很多初学者友好型代码里面都是有中文注释的,所以大家拿到这样的代码然后使用自己的电脑的Rstudio打开就会不小心看到乱码,当然是有解决方案的。

之所以有乱码其实是因为Rstudio开发者及其公司都是欧美人,英文为主,对中文的友好度没那么强,我一直在思考,会不会泰文和印度语那边的学生使用Rstudio会更麻烦,有机会去泰国一定要去他们网吧试试看这个Rstudio好用不。

设置RStudio文本显示的默认编码

其实就是4个步骤:

  • RStudio菜单栏的Tools -> Global Options
  • 在配置界面选择code下面的saving的 默认编码格式
  • 在弹出的编码中,选择UTF-8编码。
  • 点击OK,然后再点击OK,保存设置。

最后,在打开R代码文件的时候,选择File -> Reopen with encoding菜单,就可以选择我们使用UTF-8编码打开文件,这样子就可以正确地显示中文了。

R绘图失败

主要是因为不少人的Windows电脑用户名是中文,所以使用Rstudio会出现奇奇怪怪的错误。深层次原因是Rstudio在运行的时候会创建一些临时文件,这些临时文件默认是放在你的C盘里用户名下的一个文件夹里,由你电脑里面的TEMP这个环境变量指定。需要修改它, 比如修改为D盘。

首先查看环境变量,先点击控制面板里面的高级系统设置

然后在高级里面寻找环境变量按钮如下:修改后如下:

这样问题就解决啦。

R下载包失败

首先看看电脑是否联网,然后看看R能否真的能够下载数据,测试代码download.file进行文件下载:

 download.file(url = "http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2019/02/heatmap.jpg",
              destfile = "heatmap.jpg")

发现无法直接下载内容,证明R在连接网络时出现了问题,需要修改R访问网络的方法为libcurl, 代码如下:

options(download.file.method="libcurl")

GEOquery下载数据失败

以前在菜鸟团写过教程:GEOquery包的getGEO函数总是无法下载肿么办 不再赘述。

GEOquery下载表达矩阵缺样本名

以前在菜鸟团写过教程:要读源代码才能解决的报错-GEOquery下载表达矩阵缺样本名 不再赘述。

最后一个小广告

如果你觉得我推文信息量太大,而且有点简略,我们也有视频指导大家如何克服这些报错, 发布在B站,链接直达:https://www.bilibili.com/video/av26077409 (请自行复制粘贴此链接去浏览器打开)

当然,如果你迫不及待想了解更多生信必修课之软件安装的课程,也可以直接购买学习,链接是:https://ke.qq.com/course/310838 (文末阅读原文可以直达)

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee),作者:生信技能树

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-04-20

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