单基因生信分析流程(4)单基因的下游通路GO、KEGG或者GSEA

clusterProfiler 是Y叔写的一个R包,可以用来做各种富集分析,如GO、KEGG、DO(Disease Ontology analysis)、Reactome pathway analysis以及GSEA富集分析等。而除了富集分析,他还可以非常方便的对富集分析结果进行可视化。这里使用clusterProfiler进行GO、KEGG以及GSEA富集分析。

1、安装clusterProfiler

安装clusterProfiler:

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite('clusterProfiler')

2、ID转换

由于clusterProfiler富集分析推荐的输入文件是Entrez ID,因此这里提取的是Entrez ID,接下来就可以进行富集分析了:

# ===============================================================

#step2 转换ID

# ===============================================================

diffgene <- rownames(diffSig)

diffgene <- bitr(diffgene, fromType="SYMBOL",
           toType=c("ENTREZID","ENSEMBL"),
           OrgDb="org.Hs.eg.db")
head(diffgene)

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