解读文献题目:
TCGA based integrated genomic analyses of ceRNA network and novel subtypes revealing potential biomarkers for the prognosis and target therapy of tongue squamous cell carcinoma 这是一篇2019年发表在plos one 的纯生信文章。
首先对TCGA的RNA表达预处理,筛选掉其中的低表达基因(count<10)进行预处理。根据GENCODE Release 29(GRCh38.p12)(https://www.gencodegenes.org/human/)注释mRNA和lncRNA。 而miRNA是基于miRbase v22数据库(http://www.mirbase.org/index.shtml#opennewwindow)进行注释。
通过搜索“舌鳞状细胞癌”,从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载TSCC(GSE30784,GSE13601和GSE28100)的3个基因表达谱。 “(2019年1月)。基于Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array和U95 Version 2 Array确定GSE30784和GSE13601。 GSE28100的平台是Agilent-021827人miRNA微阵列(V3)(miRBase释放12.0 miRNA ID版本)。
总共鉴定出总共2907个差异表达的mRNA(1366个上调和1541个下调),191个miRNA(98个上调和93个下调)和1831个差异表达的lncRNA(1151个上调和680个下调)。 miRNAseq数据| log2(FC)|> 1.5和P值<0.05。 具有差异表达的RNA在热图中可视化(图1)。 表1中列出了前10个DElncRNA,DEmiRNA和DEmRNA。