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R语言日常笔记(5)一些小问题的集合

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用户1359560
发布2019-07-28 14:08:05
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发布2019-07-28 14:08:05
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文章被收录于专栏:生信小驿站生信小驿站

(1)生存分析的KM曲线绘制问题 在绘制之前,我们会

group <- ifelse(gene > = median(gene), 'high', 'low')

一般常用中位数将样本分为高低表达组,这样便于绘制,但是假如说某个基因表达量为0的样本数目超过了半数,这样的结果就是所有该基因的所有表达量被修改成‘high’,这样会导致,生存曲线绘制错误。

image.png

error in ggsurvplot_df(d, fun = fun, color = color, palette = palette, : The length of legend.labs should be 1

修改的代码是

group <- ifelse(gene > median(gene), 'high', 'low') 取消等号

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原始发表:2019.07.27 ,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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