R语言之FASTQ文件操作及质量评估

今天为大家介绍下如何用R语言进行FASTQ文件的操作。这个包可以对reads进行过滤整理，整理，并且还可以形成质量评估报告。接下来我们看下怎么去使用这个包。首先是包的安装，还是通过bioconductor进行安装：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("ShortRead")

成功载入后如下图：

然后我们看下包中的主要函数：

1. readFastq 读取FASTQ的.gz的文件。

Eg: reads <- readFastq(system.file(package="ShortRead","extdata","E-MTAB-1147","ERR127302_1_subset.fastq.gz"))

2. sread 读取fastq文件中的序列信息。

Eg：sequences=sread(reads)

3. id获取文件中的ID信息。

Eg：id(reads)

4. qa 获取序列的质量评估报告。

Eg：qa <-qa(system.file(package="ShortRead","extdata","E-MTAB-1147"),"fastq.gz")

5. report生成质量评估报告。

Eg：report(qa)#会自动生成一个网页版的质量评估报告

以下是质量评估报告的其中一个主要的图：

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