一粒沙

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R语言获取网页快照

今天给大家介绍一个在R中的神器-网页快照获取。这个包可以进行批量获取网页并转化为图像,那这功能有啥用呢,大家可以开动脑筋想想,反正和shiny配合起来那是很好玩...

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R语言缺失值处理的结果可视化

缺失值的发现和处理在我们进行临床数据分析的时候是非常重要的环节。今天给大家介绍一个包mice主要用来进行缺失值的发现与填充。同时结合VIM包进行缺失变量的可视化...

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R语言实现文本挖掘模型构建及可视化

前面我们讲了关于语料库的基础操作包tm,今天给大家分享一个进行文本分析的另外一个包stm,此包不仅整合了文本分析的功能,同时还提供了模型的构建。下面是包的整个分...

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R语言基于tm包开启文本挖掘

今天我们看下文本挖掘在R语言中是如何被实现。文本挖掘作为自然语言处理的一个分支,主要目的是一个抽取有效、新颖、有用、可理解的、散布在文本文件中的有价值知识,并且...

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R语言基于dplyr实现数据快捷操作

4. filter 匹配对应行的数据。并生成结果。等同于subset函数。实例:

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R语言基于seqMeta实现GWAS数据元分析

全基因组关联分析(GWAS)为研究单核苷酸多态性提供了便利,同时为我们后期研究遗传表型多样性提供了媒介。然而,GWAS研究因为是种群研究往往需要大量的队列信息,...

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R语言实现孟德尔随机化研究

孟德尔随机化(Mendelian Randomization, MR)是近几年流行起来的用来进行因果推断的有效方法,它以遗传变异为工具变量来推导结局和暴露的因果...

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R语言实现质谱数据的离子峰获取

2. annotateDiffreport 多样本注释离子峰。此部分利用了xcms中的获取峰面积的函数。最后获得和xcms一样的一个差异分析报告,但是多了对离子...

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R语言实现基因组的可视化

如果多个序列同时显示,那就需要设置参数overlay=TRUE,同时如果想多个序列坐标轴范围一致需要用到rescaleoverlay=TRUE

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R语言实现DNA结构预测

大家对DNA应该都有一定的了解,那么DNA同样不仅仅是具有一级结构的碱基序列,而且还具有二级结构(双螺旋),三级结构(超螺旋)的特征。今天给大家介绍一个来预测D...

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R语言实现生物序列的降维比对

系统发育树分析大家应该很熟悉,很多软件都可以实现可视化的操作。今天给大家介绍一个通过“SpacedWords Projection” 方法实现的氨基酸序列系统发...

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R语言实现分子信息获取

同时其提供了相对应的JAVA接口供各用户使用。今天就给大家介绍下在R语言中是如何利用其接口进行相应的化合物数据获取的。

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R语言基于Reactome数据库的富集分析

大家对通路富集分析应该很熟悉,今天给大家介绍下那些漂亮的可视化展示。我们需要用到包ReactomePA,这个包主要是基于Reactome数据库进行通路富集,此包...

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R语言实现文献的批处理

科研过程中难免会涉及大量文献的检索下载,还有信息的整合。我们今天给大家介绍一个可以获取文献相关信息甚至全文的R包。Rcrossref可以通过文献doi获得文献的...

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R语言实现输出文本的多样式

大家也许习惯了在R控制台上单调的文本输出。但是有人就突发奇想开发了一个可以自定义结果颜色,属性的R包crayon。此包可以让用户在支持多颜色输出的控制台中实现多...

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R语言可视化操作数据挖掘

今天给大家介绍一个在R语言中实现了可视化的操作界面的包rattle。此包主要用来实现数据的挖掘的相关功能。首先我们看下包的安装:

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R语言制作可发表的生存曲线

log.rank.weights 主要是选择P的计算方法。默认是1,指的Log-rank方法。其它还包括以下:

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R语言实现likert量表可视化

如上图,可以看到中间的分割点,此中心代表likert反应的中心。两边分别是低水平和高水平分别对应的百分比是柱状图两侧的数值。当然,我们如果不是通过中心定义高低水...

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R语言中的机器学习

大家平时都会用到一些回归模型,今天我们来看一个集合多个模型建模和可视化的包mixomics。首先看下此包的所包含的方法列表:

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R语言升级

因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级,正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。首先我们看下包的安装:

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