转录因子预测数据库JASPAR使用教程

今天我们讲解JASPAR 数据库（http://jaspar.genereg.net/）的使用！

温馨提示：电脑浏览会更好！

首先，我们先介绍一下相关的基本概念！

TFBS的表示形式

常见的准路因子预测网站

这里只列出了部分，我们这里这介绍JASPAR

1.JASPAR 简介

Jaspar中有9个子数据库，CORE, CNE, FAM, PBM等，关于什么时候使用哪个数据库，在About下有详细介绍。

2.主页面介绍

如下是Jaspar主页面，左边是工具栏；中间显示的是数据库中收录的六大类生物，可点击查看每个大类中收集的数据总量；右侧是用户使用导航，第一次使用的用户可以点击JASPAR interactive tour ，可跟随该导航一步步学习网站的使用方法。

3.检索TF

点击左侧工具栏中search，查找感兴趣的数据。可以通过TF名称或ID、物种、分类单元、uniprot ID或任何其他关键字进行搜索。Advanced Options为高级检索，以检索人的转录因子SP1为例，下方可选框中选择筛选要求，快速锁定目标数据。

搜索结果被展示在一个列表中。一般我们选择最新版本！

点击ID号，跳转至SP1 motif详情，包括文件摘要、序列logo图、PFM矩阵（文件可下载）、TF-binding信息（FASTA格式为该motif在基因组范围的结合区域的序列，bed格式为该motif在基因组范围的结合位点，可点击下载）、外部链接、版本信息、ChIP-seq centrality、TFFM和其它信息。

4.转录因子预测