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转录因子预测数据库JASPAR使用教程

JASPAR 数据库包涵了 9 个不同的子库,其中 JASPAR CORE 数据库属于高质量,非冗余转录因子数据库,包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物,线虫,昆虫,真菌和植物。

今天我们讲解JASPAR 数据库(http://jaspar.genereg.net/)的使用!

温馨提示:电脑浏览会更好!

首先,我们先介绍一下相关的基本概念!

TFBS的表示形式

常见的准路因子预测网站

这里只列出了部分,我们这里这介绍JASPAR

1.JASPAR 简介

Jaspar中有9个子数据库,CORE, CNE, FAM, PBM等,关于什么时候使用哪个数据库,在About下有详细介绍。

2.主页面介绍

如下是Jaspar主页面,左边是工具栏;中间显示的是数据库中收录的六大类生物,可点击查看每个大类中收集的数据总量;右侧是用户使用导航,第一次使用的用户可以点击JASPAR interactive tour ,可跟随该导航一步步学习网站的使用方法。

3.检索TF

点击左侧工具栏中search,查找感兴趣的数据。可以通过TF名称或ID、物种、分类单元、uniprot ID或任何其他关键字进行搜索。Advanced Options为高级检索,以检索人的转录因子SP1为例,下方可选框中选择筛选要求,快速锁定目标数据。

搜索结果被展示在一个列表中。一般我们选择最新版本!

点击ID号,跳转至SP1 motif详情,包括文件摘要、序列logo图、PFM矩阵(文件可下载)、TF-binding信息(FASTA格式为该motif在基因组范围的结合区域的序列,bed格式为该motif在基因组范围的结合位点,可点击下载)、外部链接、版本信息、ChIP-seq centrality、TFFM和其它信息。

4.转录因子预测

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud),作者:DoubleHelix

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-05-31

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