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CysModDB:半胱氨酸翻译后修饰分析平台

半胱氨酸(Cys)上的硫醇基团可以经历多种翻译后修饰(PTM), 作为分子开关维持氧化还原稳态并调节一系列生物 活性,包括改变酶促反应、蛋白质-蛋白质相互作用和...

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数据库SQL
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SCIENCE | 肿瘤中 RNA 结合蛋白 FMRP 的异常高表达介导免疫逃避

自然过度表达 FMRP 的癌细胞具有侵袭性和转移性,FMRP 在发育中的神经元中表达缺失会导致认知缺陷。我们研究了 FMRP 在人类肿瘤中的表达,进一步评估了其...

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肿瘤中的细菌可能促进癌症

我们的身体里有无数的微生物——事实证明,我们的肿瘤也是如此。在过去的5年中,研究人员已经表明癌症组织包含整个细菌和真菌群落。现在看来,一些细菌可能是癌症的帮凶。...

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CoMutDB数据库工具 | 分析共突变与预后、药物敏感性

数据库地址: http://www.innovebioinfo.com/Database/CoMutDB/Home.php

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数据库SQLhttps网络安全
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基于CellMiner数据库的基因表达与药敏分析

CellMiner数据库,主要是通过国家癌症研究所癌症研究中心(NCI)所列出的60种癌细胞为基础而建立的。该数据库最初发表于2009年,后于2012年在Can...

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数据库SQL
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单细胞专题 | 10.细胞周期分析

A cell cycle is a series of events that takes place in a cell as it grows and di...

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https网络安全GitHubGit开源
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基于PubMed数据库挖掘研究最多的基因与以及有关某基因发表了多少篇文献?这些文献有什么特点???

如果我们想探索一下什么基因研究的最多,那就是检索pubmed数据库资源。在 NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 :

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腾讯云开发者社区数据库SQL
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甲基化测序与甲基化芯片

关于DNA甲基化检测手段介绍,阅读:Make Decision: DNA甲基化检测方法,哪一款适合你? 。同样的,早期研究以芯片为主,从成本的角度来看,也是芯片...

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硬件开发
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生信入门第1课

我写公众号的最初目的就是督促自己学习,分享一些教程,和专门搞生信的大佬们比起来,自己也就是菜鸟一枚,公众号更新也比较佛系,也不做推广,你能自行关注到,完全靠缘分...

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机器学习神经网络深度学习AI 人工智能数据分析
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生信分析中常见的数据文件格式

前面我们介绍了各种测序技术的原理:illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理,我们测序得到的是带有质量值的碱基序列fastq格式,参考基因组是f...

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https网络安全Python
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生物企业专利如何布局,近9成企业这样选择!热点报告下载

2022年5月25日,智慧芽旗下智慧芽创新研究中心发布《中国生物企业专利实务洞察》。报告作为《2022 中国知识产权年度调研报告》的系列专题报告之一,延续了主报...

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企业
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基于count数据的基因差异表达分析万能代码

关于差异分析的文章中【一文就会TCGA数据库基因表达差异分析】其实有推送过,这篇文章目前为止,有近千人付费学习。

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数据库SQL腾讯云开发者社区JSON数据处理
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cSurvival:一个癌症生存分析的新工具

生存分析是一种用于鉴定癌症研究中预后生物标志物和遗传缺陷的技术。癌症相关的数据库很多,例如TCGA。这些数据库提供了大量的生存数据,这为使用临床相关性研究分子水...

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https网络安全数据库SQL
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单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵

cellranger count 管道将FASTQ文件中的测序结果与参考转录组进行比对,并生成一个.cloupe文件,用于在Loupe Browser中进行可视...

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单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ

SRAtoolkit是NCBI提供的SRA文件处理工具集, SRA文件是NCBI的SRA数据库数据的储存格式,许多公开的scRNA-seq数据都会上传到该数据库...

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https网络安全数据库SQLGo
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单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ

Cellranger mkfastq 管道可用于将 BCL 文件解码为单个库的 FASTQ 文件。如果测序提供程序已经完成了这一步,则可以直接使用每个库的 FA...

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BashXML
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单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析

在我们分析之前,最好是先阅读一下相关的文献综述。对于单细胞数据的分析,我找了几篇相关的文献综述。

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数据集成数据库数据结构SQL数据可视化
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单细胞专题 | 1.单细胞测序(10×genomics技术)的原理

单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱...

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数据分析
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2022-TCGA数据库重大更新后3行代码提取simple nucleotide variation的数据

当然,TCGAbiolinks包还是可以下载的,但仅仅是可以下载数据而已,不过下载速度有些慢。希望开发该包的作者更新一下这个包。

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数据库SQL
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2022-TCGA数据库重大更新后RNASeq的STAR-Counts数据的下载与整理

数据的下载和之前的教程一样【14-TCGA数据库下载整理】。只不过这里选择的是STAR-Counts了。加入购物车后下载下面的文件。

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数据库SQLJSON

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