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Linux笔记【001】| 初识Linux

Linux 内核最初只是由芬兰人林纳斯·托瓦兹(Linus Torvalds)在赫尔辛基大学上学时出于个人爱好而编写的。

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Linux笔记【002】| 远程登录服务器软件:MobXterm与FileZilla

在实际开发或者计算的时候可以使用一些第三方的工具对远程的服务器进行控制。目前常用的Linux远程登录工具有:putty、xshell、secureCRT等等。我...

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Linux笔记【003】| Linux系统目录结构与基本命令

linux的文件系统是采用级层式的树状目录结构,在此结构中最上层是根目录“/”,然后在此目录下再创建其它的目录。在linux世界里。一切皆文件。

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纯生信也能发到18分!这个预后型Biomarker套路,感觉没什么难度!

我们都知道癌症的特点是不同的基因改变积累,导致癌细胞表面出现不同的新抗原表达。人体免疫系统是机体发现和消灭肿瘤细胞的可靠“人体警察”。然而,肿瘤细胞可以利用机体...

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PanGPCR | 预测多个潜在的GPCR靶标及其在组织中的表达位置,副作用以及GPCR药物的可能用途

靶向G蛋白偶联受体(GPCR)(已知的最大治疗靶标)的药物发现具有挑战性。为了促进GPCR药物的快速发现和开发,Yufeng J Tseng等人构建了PanGP...

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biomaRt包实现不同物种之间同源基因转换

,约80%的小鼠蛋白质在人类基因组中具有严格的1:1种间同源体,其序列同一性通常介于70%~100%。当然跟人类亲缘关系最近的物种是黑猩猩。

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转录组分析 | fastqc进行质控与结果解读

做转录组测序,通常公司是不给分析的,分析也要自己多花钱,当然不同公司收费不一样,有的可能带有简单的分析。之前测序的第一家公司给了简单的分析,后面换了一家测序公司...

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转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor

我前面已经介绍了转录组分析中利用fastqc这个软件来查看测序质量【文章:转录组分析 | fastqc进行质控与结果解读】,通过分析结果报告,我测序的数据还是可...

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转录组分析 | 使用Hisat2进行序列比对

转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor

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转录组分析 | 使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor

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转录组分析 | 使用Stringtie对数据进行下游处理

StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件,StringTie 可以看做是cufflinks软件的升级版本,其功能和Cufflinks是...

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转录组分析 | 使用RSeQC软件对生成的BAM文件进行质控

RSeQC是发表于2012年的一个RNA-Seq质控工具,属于python包。它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是RNA-seq数据,比如一些基本...

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UCSC数据库下载TCGA数据需要注意的细节

前面关于TCGA的教程我介绍很多,包括数据下载和一些简单的分析以及数据的处理,这里介绍还是介绍数据的下载,前面介绍过从网页下载后直接整理,或者利用R包下载,这里...

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Linux系统下Anaconda的安装和使用教程

去官网下载:https://www.anaconda.com/products/individual

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RNA-Seq的Counts和FPKM数据如何转换成TPM?

我们做转录组分析,得到的数据通常是raw counts 的数据,raw counts 的数据有很多R包进行归一化。在TCGA数据库中下载的RNA-Seq的数据就...

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生物数据库那么多,你知道几个?这个工具可以让你找到想要的数据库

作为生命科学领域的学生,常常会用到各种数据库,常用的数据库,大家都耳熟闻详,但生命科学领域的数据库是很多的,很多数据库你可能都没听过,特别是一些小众的数据库,有...

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不用编程,这个工具除了帮你绘制漂亮的图还提供Python和R代码以及统计分析

如果你不会编程,又想绘制一些好看的图片,除了其他绘图软件以外,我这里给大家推荐一个工具——Plotly,这个工具我收藏很久了,也没有用过,今天突然想起来,就分享...

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生信中常见的数据文件格式

前面我们介绍了各种测序技术的原理:illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理,我们测序得到的是带有质量值的碱基序列fastq格式,参考基因组是f...

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illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理

1953年4月,Watson和Crick关于DNA双螺旋结构的文章发表于Nature,成为生物学研究的里程碑。此后,生命科学进入了DNA解密的时代。道德经所言“...

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4分+基于SEER数据库挖掘原发性肝淋巴瘤的发病率、预后因素和生存结局

大家好,这次给大家分享一篇2020年5月发表在Front Oncol杂志上的文章,2019年影响因子4.848,仍然是一篇基于SEER数据库的文章,重点研究影响...

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