玩转RNA-seq数据也可以不需要linux ?

Hepatocytes direct the formation of a pro-metastatic niche in the liver. Nature 2019 Mar;567(7747):249-252.

看到这篇实验文章 [ PMID: 30842658 ],它里面用到了mRNA-seq技术:

We next performed mRNA sequencing on RNA isolated from the livers of control and KPC mice. We identified 275 differentially expressed genes, and found that genes upregulated in KPC mice were associated with immune-related processes.

但是我看了看文章的方法部分,并没有介绍linux环境或者R数据处理,只有纯粹的软件工具。

文章用到的数据公布在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE109480

提供表达矩阵下载:

下载文件,其实我们会R的话,就可以进入R处理它们:

rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
setwd('files/')
el=lapply(list.files(pattern = '*.gz'),function(x){
  read.table(x,header = T,row.names = 1)[,9,drop=FALSE]
})
lapply(el, head)
exprSet=do.call(cbind,el)
colnames(exprSet)=paste0(c('control','KPC'),c(1:5,1:5))
# The reads per 1k bases of exon model per million mapped reads.
# (http://www.nature.com/nmeth/journal/v5/n7/abs/nmeth.1226.html)

差异分析后的热图

功能富集及注释

chemoattractant相关基因集的表达量分布

GSEA分析挑选感兴趣通路

Enrichment of IL-6–JAK–STAT3 signalling genes in the liver (n = 5 for control mice and NTB KPC mice).

写在后面

真正的粉丝看到这样的标题肯定会以为我们公众号被盗了,居然不推荐一个纯正的生信工程师学linux,开什么国际玩笑!

是的,本文并没有劝退大家离开linux的意思,相反,我会极力推广:

视频都在B站:

其实吧,如果只是为了获得表达矩阵,那当然,linux不重要,可是,表达矩阵只不过是转录组数据分析的冰山一角:

会linux,你的数据有无限的可能!

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2019-09-14

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券